macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

テスト

メタゲノムのアセンブリ配列からファージやプラスミドを予測する PPR-Meta

Mobile genetic elements(MGE)として知られるファージとプラスミドは、原核生物や真核生物の間で遺伝情報を交換するとともに、水平遺伝子伝達(HGT)の主要な参加者である[ref.1]。そのようなエレメントは、宿主と相互作用することによって微生物群集を調…

Waifuで拡大時の画質劣化を抑える

sudo apt update sudo apt install cmake git libgtk2.0-dev pkg-config libavcodec-dev libavformat-dev libswscale-dev sudo apt install python-dev python-numpy libtbb2 libtbb-dev libjpeg-dev libpng-dev libtiff-dev libjasper-dev libdc1394-22-dev…

chainer-goghで画風を取り入れる

怒涛の勢いで機械学習ツールが発表されてきている。知識が化石化しないようにするには、手を動かしてやってみるのが一番なので、いくつか有名ツールの実行環境を構築してテストしてみた。 画風を変換するアルゴリズム | Preferred Research これを入れて動か…

ubuntuのインストール

機械学習系を利用した様々な手法が公開されているが、以下のツールが興味を引いた。 gigazine.net 写真のピクセルは変化させず色合いを大きく変えることができるみたい。従来のphoshop系の手法でもできるには違いないけど、フィルターをかけたり選択範囲を手…