macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

レビュージャーナル要約 植物ゲノムのアセンブリガイド

シーケンシング技術の急速な進歩と急激なコストのために、非モデル植物からの全ゲノムのアセンブリは、すぐにplant systematistsとevolutionary biologistsにとって日常的になるだろう。ここでは、ゲノムプロジェクトにアプローチする方法についての実践的な…

ホストゲノムや汚染配列を検出し、分離を助ける PhylOligo

シーケンシング技術の発展により、複雑な非モデル生物ゲノムおよび生物共同体のゲノムをシーケンシングの標的とすることが可能になった。これらの非モデル生物のいくつかは、それらの環境から単離することが困難だったりin vitroでクローン化ができなかった…

ロングリードを使ってcontigのscaffoldingを行う LINKS

ロングリードシークエンシング技術はここ数年で急速に成熟し、ゲノムアセンブリへのロングリードの利点は欠かせないものになった[論文より ref.1]。最近、複数グループがエラーの多いロングリードから完全なバクテリアゲノムへのデノボアセンブリが可能であ…

ロングリードのハイブリッドエラーコレクションツール Hercules

10/15 誤字修正 ハイスループットシーケンシング(HTS)技術は、ゲノミクスの分野に革命をもたらしたが、2つの基本的な制限がある。まず第一に、プラットフォームはまだ染色体のロングリードを生成することができない。プラットフォームによっては、平均リー…

WGSデータからミトコンドリアゲノムをアセンブルする NORGAL

ミトコンドリアなどの特定の細胞小器官には、独自の異なるゲノムが存在している。ミトコンドリアゲノム - the mitogenome - は、真核生物の核ゲノムとは著しく異なる。典型的に環状であり、サイズがより小さい[ref.1]。The mitogenomeは、ミトコンドリアを単…

メタゲノムのbinner評価ツール AMBER

ショットガンシーケンシングのMetagenomicsにより、微生物のコミュニティとそのメンバーを研究できる。進化的発散とこれらのメンバーの豊富さは大きな違いがあり、strainレベルの非常にclosely relatedなメンバーだったり、進化的に大きく離れていたり、豊富…

変異の自動解析パイプライン NASP

バクテリア、ウイルス、真菌および寄生生物を含む微生物からの全ゲノムシーケンシング(WGS)データはpublicデータベースで急速に増加しており、アウトブレイク調査(Rasko et a、2011; Eppinger et al、2011; Engelthaler et al、2016)、系統学と血清学を…

クラスタリングツール Starcode

すべてのシーケンシング技術はある程度の不正確さを持っている。例えば、Illuminaプラットフォーム(Margulies et al、2005)は、 主に置換からなる1〜2%のエラー率を有し(Dohm et al、2008; Nakamura et al、2011)、PacBioプラットフォームは挿入および…

クラスタリングツール MeShClust

ヌクレオチド配列をクラスタリングすることは、生物学的データを分析するための必須ステップである。冗長性を減らし、次世代のシークエンシングデータ(論文より ref.1-6)およびゲノムをde-novoアセンブリするための先駆的な配列クラスタリングツール(ref.…

アダプタートリミングツール illumiprocessor

2018 10/11 コードの誤り修正 Illumiprocessorは、illuminaのSEとPEのシーケンシングリードからアダプターのコンタミネーションをトリミングするツール。 double-indexのリードのトリミングができる。 scytheとsickle(v1.xで使用)よりtrimmomatiを使った方…

webで動作する高速で軽量な分子系統樹可視化ツール IcyTree

系統樹の可視化は、計算系統学(computational phylogenetics)の極めて重要な側面である。確かに、よく知られているテキスト「Inferring Phylogenies」(Felsenstein、2003)(amazon) は、このトピックに全章を割いている。従って、系統樹可視化ソフトウェ…

NGSデータまたはアセンブリからバクテリアやアーキアのtaxanomic assignmentを行い、ゲノムのnoveltyなどを評価する MIGA

Small subunit ribosomal RNA gene (16S)は、30年以上にわたり、原核生物種およびそのコミュニティの多様性をカタログ化および研究するために首尾よく使用されてきた。しかしながら、16S(論文より ref.1)によって効率的に評価することができない種および…

LightAssembler

次世代シークエンシング(NGS)技術の出現はゲノム研究に革命をもたらしたが、シーケンスされた生物の全体像を提供することはできていない。なぜなら、数十億のフラグメント断片の相対位置はゲノムアセンブリなしでは分からず、それらは非常にあいまいな重複…

複数のBinnngツール結果を比較してbinning精度を上げる Binning_refiner

ハイスループットショットガンシーケンシングは、未知の微生物群集を研究する強力な方法を提供する(Eloe-Fadrosh et al、2016)。メタゲノミクスショットガンシーケンシングからゲノムビニングと呼ばれるプロセスによって完全または部分的な微生物ゲノムを…

システム情報を表示するneofetch

インストール Github homebrewで導入できる。 brew install neofetch#ubuntuならapt/apt-getsudo apt-get updatesudo apt-get install neofetch またはソースからビルドする。 git clone https://github.com/dylanaraps/neofetch.gitcd neofetch/make PREFIX…

複数のbiningツールの統合を含めた、包括的なメタゲノム解析を行うパイプライン metaWRAP

2018 10/7 タイトル修正 2018 10/8 説明追加 2018 10/8 step5エラー修正 全メタゲノム(WMG)ショットガンシーケンシングによる微生物群集の研究は、それらの分類学的組成に加えて、微生物の代謝ポテンシャルの研究のための新しい道を開くものである[論文より…

Viral populations分析パイプライン Vipie

臨床試料中の全ウイルス量を研究し、急性および慢性感染時のウイルスquasispeciesの進化を評価する要求が高まっているため、Viromeメタゲノミクス研究分野は急速に増加している。Virome sequencing 技術の応用は、感染症研究だけでなく、主として非感染性条…

複数ゲノムへマッピングして、コンタミの可能性を探ったりフィルタリングを行う FastQ Screen

DNAシーケンシング解析では、通常、リードはただ1つのリファレンスゲノムにマッピングされる。 しかしながら、起源となるゲノムの確認を必要とする場合、複数のゲノムに対するマッピングが必要である。 複数のゲノムに対するマッピングは、汚染を検出するた…

in silico mate-pairシーケンシングによってde novo アセンブリ改善を試みる cross-species-scaffolding

10/5 3stepコマンドの誤り修正 及びコマンド変更、コメント追加 正確で完全でアノテーションのついたゲノムは、種や個体の過去、現在、未来に関する豊富な情報を提供するため、医療や生物学の研究にとって非常に貴重なリソースとなっている[論文より ref.1]…

BatAlign

シーケンシングリードのリファレンスゲノムへのアライメントは、通常、ほとんどのゲノム解析の第一歩で歩い。しかし、全リードがリファレンスゲノムを正確に表していないため、シーケンシングリードをゲノム変異をまたいでリファレンスゲノムに戻すことは難…

cGOF-assisted アセンブリパイプライン GAAP

次世代シークエンシング(NGS)技術は、近年では数万の原核生物ゲノム配列を生成し、原核生物のゲノム研究を大いに促進している。cost-effectiveで、カバレッジが高いので高品質の信頼できるデータが生成できる。しかしながら、原核生物の完全なゲノム配列の…

バイオインフォマティクスのツールを再現性よく実行するためのコンテナ仮想化ツール群 BioContainers

10/2 誤字修正 バイオインフォマティクスは、新しいアルゴリズムの開発、複雑なパイプラインへの様々なツールの接続(Perez-Riverol et al、2014)、それらの蓄積と普及により、システム生物学の機能と振る舞いの理解への重要な貢献をしている。これらの開発…

DAS_Tool

Genome-resolved metagenomics は、環境ショットガンDNAシーケンシングデータからのゲノムの再構築をターゲットとする。ゲノム配列に基づいて、個々の生物の代謝経路を推論することができ、微生物群におけるそれらの生活様式を予測することができる。シーケ…

ロングリードのマッピングツール lordFAST

ハイスループットシーケンシング(HTS)技術は、発足以来進化してきた(Margulies et al、2005)。特にPacific Biosciences(Eid et al、2009; Korlach et al、2010)およびOxford Nanopore(Cherf et al、2012; Manrao et al、2012; Eisenstein)などの一分…

webブウラザを使ったゲノムブラウザ PyBamView

次世代シークエンシング(NGS)技術の急速な発展により、幅広い種類のショートリードDNAデータセットがもたらされた。シーケンスアライメントのマニュアル検査は、クオリティ管理の重要な側面である。大部分のNGS解析は一塩基多型(SNP)に焦点を当てている…

MaxBin2

全ての微生物集団の配列が同時にサンプリングされるため、メタゲノム試料の個々のゲノムの回収には困難を伴う。しかし、自然生態系および人工生態系における未耕地微生物の機能的可能性を理解することは重要な手順である。ビニングとは、アセンブリされてい…

構造変化に関係するリードを可視化する svviz

人間の目にはデータの視覚的表現からパターンを識別する比類のない能力がある。高スループットシークエンシングからの突然変異の同定は大部分が自動化されているが、integrative genomics viewer(IGV; Robinson et al、2011)などのツールを用いた推定変異…

Dockerイメージをリバースエンジニアリングする Whaler

ブログで開発の動機は説明されています。 Reversing Docker Images into Dockerfiles https://samaritan.ai/blog/reversing-docker-images-into-dockerfiles/ インストール mac os10.13のgo version go1.11 darwin/amd64でビルドした。 Go言語がないなら先に…

インタラクティブなDNA配列の2次元プロットを作成する Squiggle

次世代シークエンシング技術の登場により、DNA配列解析は、バイオインフォマティクスと生物学の両方でますます一般的なツールとなっている。この理由から、注釈されていないDNA配列を迅速に検査する能力は極めて重要である。しかし、FASTAファイルに含まれる…

既知変異情報を利用して精度を上げたバリアントコールを行う IVC

ゲノムのバリアント検出は、ゲノミクス、バイオインフォマティクス、生物医学研究およびその応用(1000 Genomes Project Consortium、2012,2015; Pabinger et al、2014)において非常に重要な意味を持つ。次世代シークエンシング(NGS)技術の最近の進歩によ…