macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

anvi'oを使ってメタゲノムを分析する

ハイスループットシーケンシングとオミックス技術の進歩は、自然界に存在する微生物群集の研究に革命をもたらしている。微生物のライフスタイルを包括的に調査するためには、遺伝情報を対話的に整理して可視化し、複雑なデータの分解能を高めるための微妙な…

mobile element を検出する Mobster

転移因子(ME)は自律的にコピーしたりゲノム上を移動したりすることができるDNA配列だが、その高度に反復的な配列構造のために検出が困難である。MEは、ゲノム構造を変化させる主要な進化ドライバーであるだけでなく、機能的に重要な領域に挿入され、遺伝子…

SRAなどのシーケンシングデータを一括ダウンロードする grabseqs

2020 4/1 タイトル修正、誤字修正 ハイスループットシーケンシングは、生物学的な疑問を解決するための強力な技術である。Grabseqsは、Sequence Read Archive(SRA)、Metagenomics Rapid Annotation through Subsystems Technology(MG-RAST)サーバー、iMi…

pyGenomeTracks

pyGenomeTracksは、高度にカスタマイズ可能な高品質のゲノムブラウザトラックを作成することを目的としている。Hi-Cデータの他、以下のデータからplotを作成することが可能になっている。 bigwig bed/gtf (many options) bedgraph epilogos narrow peaks lin…

パンゲノムにおいて有意な関連性の遺伝子を検出する Coinfinder

原核生物および真核生物のパンゲノムのアクセサリー遺伝子は、遺伝子水平伝播、loss of gene、および選択の影響により蓄積する。 Coinfinderは、パンゲノム内の相同な遺伝子(遺伝子ファミリー)のセットが偶然に予想されるよりも頻繁に相互に関連または解離…

データをドラッグアンドドロップして素早く作図とデータ分析ができるGUIツール BioVinci

3/330 誤字修正、図を追記 2020 3/31 追記 BioVinciのabout usより BioTuringは、若くてモチベーションが高いバイオインフォマティシャンで構成されたチームで、次世代のバイオインフォマティクスツールを使ってライフサイエンスを育成したいという情熱を全…

単一のメタゲノムアセンブリゲノム(MAGs)とシーケンシングデータからバクテリアの増殖率を推定する iRep

培養に依存しない微生物群集の研究により、微生物群集の複雑さと代謝の可能性に対する理解が深まった。ただし、コミュニティへの個々のマイクロバイオームメンバーの貢献を理解するには、どの細菌が活発に複製しているかを判断することが重要になる。ドラフ…

データベースのゲノム情報とAMR耐性/感受性情報から細菌のAMR表現型を予測する VAMPr

2020 3/37 タイトル修正 Antimicrobial resistance(AMR)は、公衆衛生に対する脅威の増加である。 AMRを決定する現在の方法は、非効率的な表現型アプローチに依存しており、多くの病原体と抗菌薬の組み合わせのAMRメカニズムの理解が不完全なままとなってい…

ゲノムから周期的なリピート配列を検出する SPADE

周期的に繰り返されるDNAやタンパク質要素は、ゲノムの進化、遺伝子制御、タンパク質複合体の形成、免疫を含む様々な重要な生物学的事象に関与している。特筆すべきは、現在使用されているZFNs、TALENs、CRISPRsなどのゲノム編集ツールも、すべて天然の生物…

第3世代ロングリードを使ってアセンブリのギャップを閉じる TGS-GapCloser

ゲノムシーケンシング技術の開発は、この10年間でコストの削減とムーアの法則を超えるスピードでスループットを向上させてきた[ref.1]。遺伝子配列データベースは飛躍的に充実し、細菌や真菌の小さなゲノムから真核生物の大きなゲノムへと焦点が移っている。…

公開されている真核生物アセンブリを分析する BlobToolKit

種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入した場合でも、ア…

medakaを使ってコンセンサスコールを行う

2020 3/23 コマンドの間違いを修正 2020 3/24 説明追記 Documentation 特徴 basecallされたデータのみ必要(.fastaまたは.fastq) グラフベースのメソッド(Raconなど)よりも精度が向上 Nanopolishよりも50倍高速(GPU実行できるため) オーダーメイドの補…

単離バクテリアゲノムのアセンブリ、アノテーション、比較ゲノム解析を行う高度に自動化されたパイプライン ASA3P

2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオキシチェーンターミネーショ…

WGSのリードから倍数体ゲノムのゲノムサイズやヘテロ接合度を推定する GenomeScope 2.0

2020 3/21 コマンドの修正と結果追記、タイトル修正、誤字修正 2020 3/23 誤字修正 ゲノムシーケンシングは、現代の分子生物学の不可欠な部分となっている。ただし、利用可能な分析方法の大半は、染色体レベルのリファレンスゲノムと詳細なアノテーションが…

readucks

このパッケージは、porechop (Ryan Wick)のdemultiplexingオプションに触発されているが、アダプターのトリミングオプションはない - それは単にデマルチプレクサーである。 readucksはPythonバインディングを持つparasailライブラリを使用してペアワイズア…

臨床環境の病原性バクテリアを素早くジェノタイピングする biohansel

BioHanselは、全ゲノムシーケンス(WGS)データで系統学的に有益な1塩基多型(SNP)(canonical SNPsとも呼ばれる)を識別することにより、細菌分離株の高解像度のジェノタイピングを実行する。このアプリケーションは、高速k-merマッチングアルゴリズムを…

タンデムリピートなどのミスアセンブリを分析する TandemQUAST

タンデムリピートは、不均等なクロスオーバーによってしばしば生成される複数の連続するほぼ同一のシーケンスによって形成される(Smith、1976)。初期のDNAシーケンスプロジェクトで、タンデムリピートが真核生物のゲノムに豊富にあることが明らかになった…

計算リソースを効率的に使って多数のよく似たバクテリアゲノムを素早く分析する自動化されたパイプライン Bactopia

2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムのシーケンシングは、多くの場合、扱いやすい分析手法よりも速くデータが生成される手順になっている。 Nextflowワークフローソフトウェア…

スモールゲノムからラージゲノムまで対応した高速かつ精度の高いハイブリッドアセンブラ HASLR

オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズやパシフィック・バイオサイエンスなどのプラットフォームからの第三世代シーケンシング技術は、より連続したアセンブリを構築し、ゲノムを完全に再構築する道を開いた。これらのテクノロジーで生成されより長い…

ラップトップでも軽快に動作するゲノム比較ツール bindash

ゲノム(メタゲノムを含む)の数は加速的に増加している。 近い将来、数百万のゲノム間のペアワイズ距離を推定する必要があるかもしれない。 クラウドコンピューティングを使用しても、そのような推定を実行できるソフトウェアはほとんどない。マルチスレッ…

(small eukaryotes)ゲノムアセンブリがchromosome levelに達しているかどうかを評価する Tapestry

ゲノムには、複製、転座、大きな逆位、倍数性変異などの複雑な機能が含まれている可能性があり、アセンブリやアセンブリの検証が困難になる場合がある。John Daveyが開発したTapestryと呼ばれるツールを使用すると、小さく、ほぼ完全な真核生物ゲノム(50 Mb…

時系列データなどの連続データを視覚化するwebサービス PlotTwist

2020 3/13 誤字修正、補足説明追加 要約だけでなく、個々の測定からの実際のデータを表示することで、実験結果の理解が深まり、より完全な全体像が得られることは長年にわたって強調されてきた[ref.1-3]。これは、ダイナミクスを研究するための時間依存デー…

Bandageを使ってアセンブリグラフからターゲットの配列を選抜する

2020 3/12 写真差し替え、誤字修正、タイトル修正 De novoアセンブルして得たcontig配列から特定の配列を選抜するにはどうすれば良いだろうか?全ゲノムのショットガンシーケンシングを行なっていても、目的の配列はそのサブセットでしかないことは頻繁にあ…

rocker projectのrstudioコンテナを使う

ライブラリによって要求するRのバージョンが異なり、新しいツールをテストできないことがある。そのような場合、 r-baseのバージョン管理されたdockerイメージを使うと、その場限りの仮想環境にツールをインストールして、気軽にテストすることが出来る。ま…

ノイズの多いロングリードからリピートを探す Noise Cancelling Repeat Finder

間違って2回Noise Cancelling Repeat Finderのインストールについて投稿してしまいました。申し訳ありません。 タンデムDNAリピートはロングリード技術でシーケンスできるが、これらの技術の高いエラー率を考慮した計算ツールがないため、正確に解読できな…

オルガネラゲノムをターゲットアセンブリする GetOrganelle

2020 3/9 コメント修正 2020 3/9 誤字修正 2020 3/24 実行例の間違い修正 2020 3/27 コマンド修正 オルガネラには、plastome およびmitogenomeとも呼ばれる、プラスチド(葉緑体および他の形態のプラスチドを含む)とミトコンドリアのゲノムが含まれている。…

ベストマッチするリファレンスゲノムを探す ReferenceSeeker

2020 3/8 コメント削除、タイトル修正 公共データベースで利用可能な微生物ゲノムの数は増え続けており、多くのin-silico分析、例えば 一塩基多型の検出、scaffolding、比較ゲノミクス、に必要なリファレンスゲノムの最適な選択がますます困難になってきてい…

(ヒトゲノム)ハイパフォーマンスなハイブリッドアセンブラ WENGAN

2020 3/7 パラメータの表記ミス修正 ロングリードシーケンシング技術の継続的な改善により、高品質のゲノムを約束する新しいde novoアセンブリ時代が始まっている。ただしロングリードのみを使用して、大規模で反復性の高いヒトゲノムの正確なゲノムアセンブ…

ロングリードのアセンブリをpolishする NextPolish

ロングリードシーケンシング技術は長い連続性を持つゲノムを生成できるが、エラー率が高くなる。 そこで、長いリードでアセンブリされたゲノムの配列エラーを効率的に修正するツールであるNextPolishを開発した。 この新しいツールは、高品質のショートリー…

blast結果をインタラクティブなヒートマップで視覚化する BLASTmap

植物と病原体の相互作用の結果を決定する多数の遺伝子が現在発見されている。たとえば、免疫受容体、感受性因子、病原体エフェクター、およびそれらの宿主標的など。ターゲットエンリッチメントシーケンスは、遺伝子型固有のゲノムアセンブリを最初に生成す…