感染症は、公衆衛生と世界経済に深刻な問題を提起している。病原体が宿主細胞に接着し、繁殖し、ダメージを与えることを可能にするのは病原性因子（VFs）であり、抗生物質耐性遺伝子（ARGs）は、通常であれば治癒可能な治療を回避することを可能にする。VFs…

2023/07/13 追記 2024/05/20 dockerイメージ追記 病原性微生物は、宿主に侵入し、コロニー化し、損傷を与えることで病気を引き起こす。細菌毒素を含む病原性因子は病原性に寄与する。さらに、抗菌薬耐性遺伝子は、病原体が治癒力のある治療法を回避すること…

2021 5/18 ツイート追加 2021 11/11 論文引用 2022/03/10 help更新2023/10/16 インストール手順修正（python3 => python 3.10） 2024/08/22 webサーバーリンク追加 Baktaは、バクテリアのゲノムやプラスミドのローカルなアノテーションを迅速かつ標準化する…

2023/07/12 追記 ウイルス性因子データベース（VFDB、http://www.mgc.ac.cn/VFs/）は、細菌の病原性を解読するための包括的なアーカイブとオンラインプラットフォームを研究者に提供することに専念している。ウイルス性因子（VF）の様々な組み合わせ、組織、…

2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 2020 5/12 インストール追記 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオ…

2019 12/20 インストール手順修正 2019 12/21, 12/22結果追記 連休中は不定期更新になります。よろしくお願いいたします。 ハイスループットシーケンシング（HTS）技術の進歩およびシーケンシングコストの削減は、全ゲノムシーケンシング（ＷＧＳ）が多くの…

最近、いくつかの研究がin silicoプラスミド予測ツールの有効性を評価している[ref.1、2]。実際、現在、多くのバイオインフォマティクス法が、リードカバレッジ解析（例：PlasmidSPAdes）、k-merベースの分類（例：cBAR、PlasFlow）、レプリコン検出（例：Pl…

病原性細菌の迅速な分子タイピングは、公衆衛生疫学、サーベイ ランスおよび感染制御にとって重要である[論文より ref.1,2]。そのような活動の2つの重要な目標は、（1）病原性遺伝子、抗菌性耐性遺伝子または血清型決定因子を含む臨床的に関連する表現型に関…

2019 3/1 コマンド及びランの流れ更新、3/3 リンク修正、3/14 condaインストール追記、4/12 dockerリンク追加、9/27 コメント追加 2020 4/25 追記 ABRicateはTorsten SeemannさんがGithubに公開されている抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子、腸内細菌科プラ…

ゲノムアイランド（GIs）は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される（wiki）。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ（論文より ref.1,2）内のバクテリアおよびアーキアの適応度…