2024-09-01から1ヶ月間の記事一覧
微生物群集に含まれる細菌種は、ゲノムの小さな変異によって区別される菌株の混合物であることが多い。ショートリード法は、菌株間の小規模な変異を検出するために使用できるが、これらの変異を連続したハプロタイプにphasing(位相を揃える)することはでき…
前回紹介しましたPPanGGOLiNのグラフですが、PPanGGOLiNはHDF-5というファイルフォーマットでパンゲノムを作成し、管理しています。出力ディレクトリにある.h5ファイルがこれに相当します。このファイルは、パンゲノム解析の結果を関連するパラメータや完全…
2024/09/26 推敲、9/27 追記 前回のパンゲノム解析の説明の続きとなります。 前回: https://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2024/08/28/163036 1、パンゲノムプロット パンゲノム解析結果を視覚化する最も一般的な方法は、x軸にゲノム数を、縦軸にコア遺伝…
Gephiは大規模なネットワークグラフを可視化・分析するためのオープンソースソフトウェアである。Gephiは3Dレンダリングエンジンを使ってグラフをリアルタイムに表示し、探索を高速化する。あらゆる種類のグラフの探索、分析、空間化、フィルタリング、クル…
Spalnは、哺乳類サイズの真核生物ゲノム配列にタンパク質のクエリ配列をスプライスアライメントし、自己完結的にゲノムマッピングを行うための最も初期の実用的なツールである。しかし、その計算速度は、急速に増加するゲノムおよび転写産物配列データの解析…
2024/09/29 修正 パンゲノム解析は、細菌集団で起こる分子進化を探るための基本的な手法である。ここでは、パンゲノムデータを簡単に扱うことができるRフレームワークPagooを紹介する。Pagooはカプセル化されているため、複雑な分子情報や表現型情報をオブジ…
2024/09/06 追記 ゲノム配列決定は生物学者にとって日常的な作業となったが、遺伝子構造アノテーションの課題は依然として残っており、正確なゲノム・遺伝子研究を妨げている。SynGAPは、遺伝子のシンテニー情報を利用して、ゲノムの遺伝子構造アノテーショ…
2024/09/03 追記, 9/5追記 微生物パンゲノム解析は、原核生物ゲノム中の遺伝子の有無を同定する。しかし、現在のツールでは、配列の多様性が高い種や、属や科のような分類学上の上位の種を解析する場合には限界がある。Roary ILP Bacterial core Annotation…