macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

BMC Microbiome (Journal)

メタゲノムコンティグのクラスタリング(binning)を行う MetaDecoder

メタゲノムコンティグを潜在的なゲノムにクラスタリングすることは、微生物集団の機能的役割を調査する上で重要なステップである。既存のアルゴリズムは、シミュレーションまたは実際のシーケンスデータセットでかなりの成功を収めている。しかし、複雑なメ…

複数のbiningツールを統合し、包括的なメタゲノム解析を行うパイプライン metaWRAP

2018 タイトル修正, 説明追加, step5エラー修正 2019 データベース作成ケアレスミス修正, ヒートマップ追加, インストールコマンド修正 2020 gzip圧縮fastqは使えないことを追記, インストール手順修正, salmonの定量ステップ修正 2021 4/27,4/28 dockerリン…