macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

cyanobacteria

シアノバクテリアのキュレーションされた16S rRNA遺伝子のwebデータベース Cydrasil 3

シアノバクテリアは、広く普及している重要な細菌門であり、地球上の炭素・窒素固定のかなりの部分を担っている。しかし、シアノバクテリアの16S rRNA遺伝子配列の信頼性の高い正確な自動分類は、相反する体系的なフレームワーク、一貫性のない分類学的な定…

マニュアルキュレーションされたシアノバクテリアのデータベース CyanoType

ここで紹介するデータセットは、CyanoType(http://lege.ciimar.up.pt/cyanotype)と名付けられた、関連するシアノバクテリア株のオンラインデータベースの基礎となるものである。このデータベースは、分類学的、系統学的、あるいはゲノム学的に有用なシアノ…

数十のバクテリアの1万以上の機能未知遺伝子欠損の影響をまとめた Fitness Browser

注意: タイトルには 機能未知遺伝子だけ相手にしたように書いてますが、実験はゲノム全体の遺伝子をターゲットにランダムかつ網羅的に行われており、mutant phenotypeの影響を調べた遺伝子数自体は1万よりずっと多くなります。実験結果をまとめたFitness Br…