PNAS
多くの生物は、環境の変動に対応して可逆的な休眠（シードバンク）を採用している。この生命戦略は、基本的な生態進化の力を変化させ、遺伝的多様性の明確なパターンをもたらす。休眠の2つのモデルが、合体タイムスケールに対する休眠の平均期間に基づいて提…
2020
PNAS
Long Terminal Repeat retrotransposons (LTR-RTs)
transposon
repetitive sequences
large genome
2020 7/5 ProcessRepeatsのhelp追加 2020 7/6 step3修正 2020 7/7 ProcessRepeatsのコマンドの間違いを修正 2022/04/18 追記 2023/07/24 追記 Tree of life全体のゲノム配列決定のペースが加速しているため、 transposable elements（TE）のようなゲノム構成…
RACA Reference-assisted assembly を行うツール。解析にはリファレンスとアウトグループが必要である。 論文では、RACAを使いGAGEのゴールデンデータセットをアセンブルしたデータや、Tibetan antelope（ウシ科のチルー）のアセンブルデータが使われている…
