macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Molecular Biology and Evolution

ショートリードから全ゲノム系統樹の自動再構築を行う REALPHY

微生物の進化動態の研究は、手頃な価格のハイスループットシーケンス技術の利用により、一度の研究で何百もの関連する分類群の全ゲノム配列の解読が可能となり、大きく変貌を遂げてきている。一般に、これらの分類群の系統樹を再構築することは、あらゆる進…

原核生物ゲノム中の偽遺伝子候補を検出する Pseudofinder

2022/07/09 論文引用 原核生物のゲノムは一般的に遺伝子密度が高く、偽遺伝子(機能していない、あるいは不活性化された遺伝子の残骸)は比較的少ない。しかし、近年の生態系の変化や、共生生物や病原体が経験したような極端な個体数の減少など、特定の状況…

BUSCO v5

2021 8/14 誤字修正 2021 11/29 誤字修正 2022/06/08 インストールのバージョン更新, 7/3 追記, 7/20 追記 ゲノムデータやメタゲノムデータの品質を評価する方法は、ゲノムアセンブリを助け、その後の解析結果を正しく解釈するために不可欠である。BUSCOは、…

ALFsim

計算進化生物学では、研究対象となる生物の進化の歴史がわからないことが多いため、検証やベンチマークは難しい課題である。インシリコで配列進化をシミュレーションするコンピュータプログラムは、新しく開発された手法の検証や異なるアルゴリズムの比較を…

ラージデータセットのコアゲノムを高速に構築する CoreCruncher

コアゲノムとは、原核生物のある集団や種のすべての、あるいはほぼすべての系統が共有する遺伝子の集合を意味する。コアゲノムを推定することは多くのゲノム解析に不可欠だが、ほとんどの手法はすべてのゲノムのペアを比較することに依存している。ここでは…

機能アノテーション付けを行うwebサービス eggNOG-Mapper

2020 9/1 説明追記 2021 8/6 リンク追加 重複イベントではなく種分化に由来するオーソロガス遺伝子の同定(Fitch 1970)は、新規遺伝子の機能的特性化に深い意味を持つ長年にわたる進化の問題である。 「オルソログ推測」では、同じ遺伝子重複イベントから派…

ローカルBLASTをGUI環境で実行できる Sequenceserver

2020 1/25 タイトル修正、統合TVリンク追加 シーケンシングコストの劇的な低下により、個人や研究者グループが以前に研究されていない生物からゲノムまたはトランスクリプトーム配列を生成する多くの機会が生まれている。多くの研究の疑問には、小規模または…

包括的なメタゲノム解析パイプライン MAGO

微生物種はさまざまな環境で重要な役割を果たしているが、メタゲノムデータセットからの高品質のゲノムの生成は、その生態学的および進化のダイナミクスを理解する上で大きな障害となっている。 Metagenome-Assembled Genomes Orchestra(MAGO)は、複数のマ…