macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ID mapping

keggcharter

Githubより KEGGCharter は KEGG API と Pathway 機能のユーザーフレンドリーな実装です。特徴は KEGG ID から KEGG Orthologs (KO) への変換、および KO から EC 番号への変換。 主要な分類群の代謝ポテンシャルを KEGG メタボリックマップで表現(上位 10 …

reCOGnizer

Githubより reCOGnizerは、RPS-BLASTとCDDのデータベースをリファレンスとして、ドメインベースのアノテーションを行う。現在実装されている参照データベースはCDD, NCBIfam, Pfam, TIGRFAM, Protein Clusters, SMART, COG and KOGとなっている。reCOGnizer…

UniProtのデータベースから機能的アノテーションとID mappingを行う UPIMAPI

2022/07/12 修正 オミックスやメタオミックス技術は、微生物の機能を探索するための強力なアプローチだが、オミックスデータセットの大きさと複雑さにより、その解析はしばしば困難な課題となる。オミックスやメタオミックス解析のために開発されたソフトウ…

UniProtKBデータベースをダウンロードしてBLAST検索する。

#2022/07/10誤字修正、07/12誤字修正 #2022/07/28 ツイート追記 Universal Protein Resource (UniProt)は、European Bioinformatics Institute (EBI) (*2)とSIB Swiss Institute Bioinformaticsが共同研究して構築している知識ベースである(*1)。タンパク質…

UniprotのID変換webサービスを使い、UniProt accessionsからタンパク質のアノテーションを得る (ID mapping)

2020 2/4 追記 UniProtのRetrieve/ID mappingサービスを使用すると、UniProt accessions IDからGenbankの配列、PDBのID、Entrez Gene ID、GI nnumber、タンパク質のアノテーションなどに変換できる。 Converting UniProt identifiers to external identifers…