バクテリアとアーキアの正式名称やタイプストレイン情報などを掲載するデータベース LPSN

2020 9/3、9/6 誤字修正 1997年の論文このリストには、International Journal of Systematic Bacteriologyに掲載された細菌の正式名称がアルファベット順に年代順に掲載されている。5,569種（1996年12月31日現在）を網羅しており、インターネット上で入手可…

2020-07-09

Linnean分類システムのランクに応じて分類学の系統を提供する分類学データベース Taxallnomy

2020 Preprint taxonomy ID taxonomic assignment 結果の視覚化 (visualization) web tool Nomenclature

あらゆる生物学的データは分類学的データと密接にリンクしており、いくつかのバイオインフォマティクス分析は目的を達成するために分類学的情報に依存している。メタゲノミクス、臨床法医学、その他の分野では、サンプル中に存在する生物を同定し、グループ…

2019-10-28

普遍的な single-copy proteinsに基づいてバクテリアとアーキアを分類するGenome Taxonomy Database (GTDB) とその分類ツール GTDB-Tk

開発中 taxonomic assignment 生物種の推定 (taxonomic profiling) ANI database web tool ゲノム比較 (comparative genomics) 系統解析分子系統樹 metagenome single cell evolution archaea Nomenclature 2019 Bioinformatics 2020 Nature Biotechnology

2019 10/28 誤字修正、コメント追加 2019 11/5 誤字修正、捕捉追加 2019 11/6 追記 2020 2/21 インストールコマンド修正 2020 3/4 ツイート追加 2020 4/21 インストールの説明を修正 2020 8/23 補足 2020 9/9 KBase補足、論文リンク追加 2020 12/28 データベ…