ウイルスゲノム配列の急速な蓄積は、アウトブレイクによる過剰表現によって引き起こされる計算上の制約とサンプリングバイアスのために、多重配列アライメント、系統発生、ゲノム/アライメント可視化などの下流解析ツールに大きな課題をもたらしている。クラ…

タンパク質構造は配列を超えて保存されているため、遠縁のタンパク質を解析するには多重構造アライメント（MSTA）が不可欠である。計算予測法によって利用可能なタンパク質構造のリポジトリは大幅に拡張され、高速で正確なMSTA法が求められている。本稿では…

ゲノム中の一部の遺伝子の有無は、他の遺伝子の存在の可能性に影響を与える可能性がある。こうした遺伝子の共起と回避のパターンを理解することで、ゲノム構成の基本原理が明らかになり、進化的再構成から合成ゲノムの合理的設計に至るまで、幅広い応用が期…

バイオインフォマティクスパイプラインは、再現可能な解析を可能にするために、FAIR基準を満たす必要がある。FAIRは、再現可能な研究に必要な4つの主要要件、すなわち、検索可能性、アクセス可能性、相互運用性、再利用性を規定している。Singularityなどの…

酸素は微生物の分布と活動の主要な駆動力である。酸素濃度を現場で測定することはしばしば困難であるため、一つの解決策として、細菌を酸素濃度の生物指標として用いることが考えられる。細菌は偏好気性細菌から偏嫌気性細菌まで多岐にわたるため、細菌群集…

出版物レベルの可視化を作成することはバイオインフォマティクスにおいて不可欠であるが、コーディングの専門知識が限られている研究者にとっては依然としてボトルネックとなっている。大規模言語モデル（LLM）はコード生成に長けているが、ライブラリの依存…

2026/01/17 論文引用 高品質なリファレンスゲノムを用いた生物多様性研究の取り組みが活発化し、さまざまな生物の塩基配列決定が可能になっていることから、大規模ゲノムアセンブリのための最先端の方法論を取り入れた、アクセスしやすく、再現性が高く、使…