macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

TnSeq / BarSeq

計算とハイスループット遺伝学で細菌の異化経路のギャップを埋める GapMind for carbon sources

新規の異化酵素とトランスポーターを発見するために、本著者らは29のバクテリアのハイスループット遺伝子データと、異化経路のギャップを見つける自動化ツールを組み合わせた。GapMind for carbon sourcesは、細菌および古細菌ゲノムにおける62種類の化合物…

オミックスデータを探索するためのウェブベースアプリケーション ShinyOmics

オミックスプロファイリングは、生物の行動や環境中の反応を捉えるなど、大規模な生物学的データセットを得るための、ますます顕著なアプローチのcollectionである。このような大規模なデータセットを、プログラミングの経験なしに手作業で解析し、解釈する…

生物の生存に不可欠な遺伝子のデータベース DEG(バージョン15アップデート)

必須遺伝子とは、生物が特定の条件下で生存するために必要な遺伝子のことである。バクテリアの最小遺伝子セットの研究では、生命を維持するための基本的な細胞プロセスが解明されている。この5年間、CRISPR/Cas9をさまざまな種類のヒト細胞に適用することに…

数十のバクテリアの1万以上の機能未知遺伝子欠損の影響をまとめた Fitness Browser

注意: タイトルには 機能未知遺伝子だけ相手にしたように書いてますが、実験はゲノム全体の遺伝子をターゲットにランダムかつ網羅的に行われており、mutant phenotypeの影響を調べた遺伝子数自体は1万よりずっと多くなります。実験結果をまとめたFitness Br…