TnSeq / BarSeq
新規の異化酵素とトランスポーターを発見するために、本著者らは29のバクテリアのハイスループット遺伝子データと、異化経路のギャップを見つける自動化ツールを組み合わせた。GapMind for carbon sourcesは、細菌および古細菌ゲノムにおける62種類の化合物…
2020
BMC Bioinformatics
shiny
結果の視覚化 (visualization)
抗生物質耐性遺伝子 (ARGs)
TnSeq / BarSeq
RNA seq
multi-omics
heatmap
PCA
オミックスプロファイリングは、生物の行動や環境中の反応を捉えるなど、大規模な生物学的データセットを得るための、ますます顕著なアプローチのcollectionである。このような大規模なデータセットを、プログラミングの経験なしに手作業で解析し、解釈する…
必須遺伝子とは、生物が特定の条件下で生存するために必要な遺伝子のことである。バクテリアの最小遺伝子セットの研究では、生命を維持するための基本的な細胞プロセスが解明されている。この5年間、CRISPR/Cas9をさまざまな種類のヒト細胞に適用することに…
bacteria
database
TnSeq / BarSeq
protein search
Nature
2018
シーケンス技術
phenotype
web tool
cyanobacteria
注意: タイトルには 機能未知遺伝子だけ相手にしたように書いてますが、実験はゲノム全体の遺伝子をターゲットにランダムかつ網羅的に行われており、mutant phenotypeの影響を調べた遺伝子数自体は1万よりずっと多くなります。実験結果をまとめたFitness Br…