macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

nextflow

細菌の保存されたタンパク質の割合を計算するためのNextflowパイプライン POCP-nf

2024/05/08 追記 シーケンス技術の進歩により、細菌ゲノムは飛躍的に増加しており、確実な分類法が必要とされている。Qin et al. (2014)によって最初に提案されたPercentage Of Conserved Proteins (POCP)は、原核生物の属境界を評価するための貴重な指標で…

微生物の機能をGO termの形で予測する DeepGOMeta

微生物サンプルの解析は、その多様性と複雑性のために、依然として計算上困難である。ロバストなde novoタンパク質機能予測法の欠如は、これらのサンプルから機能的洞察を導き出すことの難しさを悪化させている。相同性や配列の類似性に依存する従来の予測手…

ユーザーフレンドリーなナノポアロングリードの転写解析プラットフォーム NanopoReaTA

オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズ(ONT)のシーケンスプラットフォームは、シーケンス中にリアルタイム解析を実行する優れた機会を提供する。この機能により、実験データに対する早期の洞察が可能になり、さらなる解析のための潜在的な意思決定プ…

ナノポアのロングリードからウイルスゲノムを検出する VirPipe

ナノポアシークエンシングによるウイルスゲノムの検出と解析は、病原体アウトブレイクのサーベイランスにおいて大きな可能性を示している。しかし、ナノポアシーケンスをサポートするウイルス検出パイプラインの数は非常に限られている。この論文では、Nanop…

nf-coreのscRNAseq解析パイプライン nf-core/scrnaseq

Nf-coreより nf-core/scrnaseqは、10x Genomics社のシングルセルRNA-seqデータを処理するためのバイオインフォマティクスのベストプラクティス解析パイプラインである。このパイプラインは、複数の計算インフラでタスクを実行するためのワークフローツールで…

シークエンシングデータのクオリティコントロールを行う seqqc

レポジトリより Arcadia-Science/seqqcは、シーケンシングデータの品質管理のための解析パイプラインである。このパイプラインは、ショートリードまたはロングリードのシーケンスデータ(FASTQフォーマット)に使用でき、アダプターの存在、高いシーケンス重…

nf-coreのRNA seq解析パイプライン nf-core/rnaseq

2023/02/24 誤字修正 2023/09/06 追記 nf-core/rnaseqはnextflow DSL2を使って構築されているRNAシーケンスデータを解析するためのパイプライン。2023年2月現在、nf-coreのベストプラクティスに従ったパイプラインは76個公開されている。このnf-coreの中で最…

ハイブリッドRNAシーケンスデータを使ってゲノムアノテーションを改善する annotate_my_genomes

2022/12/27,28 追記 ハイブリッドシーケンステクノロジーの進歩により、ハイブリッドシーケンス・トランスクリプトミクスを用いてしばしばアノテーションされるゲノムアセンブリがますます拡大し、ゲノムの特性解析が向上し、さまざまな生物における新規遺伝…

メタゲノミクスデータ中のバクテリオファージの解析、アノテーション、分類のための自動化パイプラインMetaPhage

2022/09/08 論文引用 ここ数十年、微生物叢、特にヒトの腸内細菌叢の研究と特性評価に大きな関心が寄せられ、常在微生物が人体の正常な解剖学的発達と生理的機能に極めて重要な役割を果たすことが明らかにされている。異なる環境を特徴づける複雑な細菌の動…

バクテリアのヌクレオチド分解能パンゲノムツール Pandora

新しいパンゲノムグラフ構造であるpandoraと、バクテリアのパンゲノム全体のバリアントを同定するアルゴリズムを紹介する。バクテリアの適応性の多くは付属ゲノムに依存しているため、コアゲノムだけのSNPを解析する方法では満足のいく結果が得られない。Pan…

メタゲノムのハイブリッドアセンブリとビニングのためのベスト・プラクティス・パイプライン nf-core/mag

2023/03/02 論文引用 ショットガンメタゲノムデータを解析することで、微生物群集に関する貴重な知見が得られると同時に、個々のゲノムレベルでの解決が可能となる。しかし、完全なリファレンスゲノムが存在しない場合、シークエンスリードからメタゲノムア…

バクテリアWGSからバリアントコールと系統解析を行う自動化されたパイプライン bactmap

Githubより nf-core/bactmapは、細菌のWGSから得られたショートリードを参照配列にマッピングし、フィルタリングされたVCFファイルを作成し、VCFファイル内の高品質な位置に基づいてシュードゲノムを作成し、オプションとしてシュードゲノムのアラインメント…

公共のデータベースからメタデータと生のFastQファイルを取得するnf-coreのfetchngs

2021 11/11 ツイート追加 nf-core/fetchfastqは、公共のデータベースからメタデータと生のFastQファイルを取得するバイオインフォマティクス・パイプラインである。現在、このパイプラインはSRA / ENA / GEOのIDをサポートしている(使用方法のドキュメント…

包括的なde novoトランスクリプトームアセンブリのパイプライン TransPi

2021 6/4 更新 RNA-Seqデータの利用とde novoトランスクリプトームアセンブリの生成は、生態学と進化学の研究において重要な役割を果たしてきた。これは、ゲノム情報が利用できない非モデル生物に顕著に当てはまる。しかしながら、遺伝子発現の差異の研究、D…

Nextflowで使うdockerイメージのサイズを減らす

2021 5/6 誤字修正 昨日の記事で、dockerイメージを指定してNextflowをランする例を紹介しました(リンク)。nextflow.configのprofile{ } でdocker{ }を指定しておく方法です。 nextflowのラン。-profile dockerを指定する。 nextflow variant_call_freebay…

Nextflowを使ってバイオインフォマティクスのツールを動かす その2

2021 5/5 コードの改行 (\) を除去 2021 5/6 説明を修正 Nextflowは2018年のアップデートでcondaに対応し(リンク)、nextflow側からcondaを呼び出してランできるようになりました。 そこで”Nextflowを使ってバイオインフォマティクスのツールを動かす”第2回…

Nextflowを使ってバイオインフォマティクスのツールを動かす

2021 5/5 コードのsamtoolsへパイプする部分でWSLのランがエラーになったため、改行を除去 2021 5/9 画像追加 Nextflowなどのworkflow managerを使って解析パイプラインを記述しておくことで、再現性のある解析が可能になります。午後の空き時間を使って簡単…

ナノポアリード用の新しい高精度メタゲノム分類器 BugSeq

20211114 論文引用 メタゲノム解析にナノポアシーケンサーを使用する機会が増えるにつれ、ロングリードの分類学的な分類を高速かつ正確に実行できるツールが必要となっている。既存のツールは、ショートリードデータ用に設計されているか(例:Centrifuge)…

nf-coreのampliseqパイプライン

2021 2/13 誤字修正 2023/03/05 テストラン追記 微生物群集の構成を明らかにし、微生物集団の動態を解明し、環境試料中の微生物の多様性を探るための主要な手法の一つとして、DNAやRNAを用いた16S rRNA(遺伝子)アンプリコンシークエンシングとバイオインフ…

nf-coreのDeepVariantパイプライン

nf-core/deepvariantより 2017年12月にGoogleブレインチームがDeepLearningをベースにしたVariant Caller, DeepVariantをリリースした。DeepVariantはまずBAMファイルに基づいて画像を構築し、次にDeepLearningの画像認識アプローチを使用してバリアントを取…

生殖細胞バリアントや体細胞バリアントを検出する自動化されたパイプライン Sarek

2021 2/9 タイトル修正 2021 2/12, 2/15コマンド追記 2021 5/16 コメント追記 全ゲノムシークエンシング(WGS)は、精密医療の発展のための研究の基盤技術であるが、WGS解析のためのポータブルで使いやすいワークフローが限られていることが、多くの研究グルー…

ハイブリッドアセンブリとビニング及び下流解析を行う自動化されたパイプライン MUFFIN

2021 2/5,2/6 出力例追記 2021 2/11 論文引用 メタゲノミクスは微生物学の多くの分野を再定義した。しかし、メタゲノムアセンブルゲノム(MAG)は、主にショートリードでシーケンスが行われた場合、断片化されていることが多い。最近のロングリードシーケン…

(ヒト、マウス、ラット)RNA seqの前処理からリードカウントまで行うスケーラブルなパイプライン SPEAQeasy

2021 1/25 わかりくい説明を修正、タイトル修正 RNAシーケンシング(RNA-seq)は、一般的で広く普及している生物学的アッセイであり、それによって生成されるデータの量は増加している。実際には、生のRNA-seqリードから発現変動遺伝子などの直接的に価値の…

タンパク質をコードする遺伝子配列の組換えイベントや正の選択下にある部位を見つける PoSeiDon

2020 10/27 テストデータ結果追記 選択圧力は、遺伝子の進化に継続的に影響を与え、多くの方法で研究することができる(Vittiら、2013)。例えば正の選択、または多様化する選択は、オルソロガスな遺伝子のアラインメントにおける非同義置換(dN)と同義置換…

nextflowを使ったGATKのバリアントコールパイプライン

2020 5/15 snpEffのデータベース追加方法を追記, step2とlogの写真差し替え、dockerのコマンド追加、補足修正 2020 5/16 出力の写真差し替え、レポート追加 2020 10/11,10/12 インストールコマンド修正 2021 9/21 タイトル修正 ニューヨーク大 - Center for …

計算リソースを効率的に使って多数のよく似たバクテリアゲノムを素早く分析する自動化されたパイプライン Bactopia

2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 2020 12/9 ツイート追加 2021 2/24アップデートされたコマンドに修正 2021 10/7 ツイート追加 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムの…

pATLASflow

pATLASflowはplasmid ATLASのマッピング、 mash screen、およびアセンブリメソッドを実行するパイプライン。 plasmid ATLAS インストール GIthub #ここでは仮想環境に入れる。conda create -n pATLASflow nextflowconda activate pATLASflowconda instlall -…

(ヒト向け)超高感度なマルチサンプルバリアントコーラー Needlestack

大規模並列シーケンシング、または次世代シーケンシング(NGS)は、従来のSangerシーケンシングと比較してスループットの大幅な増加と低存在量のバリエーションを検出するこれまでにない能力により、遺伝的バリエーションの探索方法に革命をもたらした。シー…