このスクリプトは、以下の2段階のアノテーションワークフローを実行する。 1､EggNOG 7 データベースに対して、タンパク質 FASTA の Diamond blastp を実行2､Diamond のヒットを EggNOG マスターテーブルとマージし、アノテーションファイルを生成 すべての出…

ゲノムスケールデータから種のツリーを推定するために、要約手法が広く用いられている。しかし、推定誤差や不完全な系統分類などの生物学的プロセスの影響により、入力遺伝子ツリーが大きく不一致な場合、正確な種のツリーを生成できない可能性がある。本稿…

SurprisalAnalysisは、Surprisal分析を用いて生物学的プロセスの結果として発現上昇または発現低下する傾向のある遺伝子のパターンを抽出するWebベースのアプリケーションを備えたオープンソースのRパッケージである。Surprisal分析は、遺伝子発現値を熱力学…

DIAMOND2GO (D2GO) は、配列の類似性に基づいて遺伝子またはタンパク質に遺伝子オントロジー (GO) termsを割り当てる高速なツールセットである。BLAST より 100 ～ 20,000 倍高速な DIAMOND の超高速アライメント機能を活用することで、D2GO は大規模データ…

ゲノムデータの急増は、10年で150万個の真核生物の配列解析を目指す継続的な取り組みを背景に、ゲノミクスに革命をもたらし、生物学的プロセスの起源、進化、そして遺伝的革新を解明する可能性がある。しかしながら、従来のゲノミクス手法では、このような大…

2019年の論文 ディープミューテーションスキャンや超並列レポーターアッセイなどのMultiplex assays of variant effect (MAVEs)）は、単一の実験で数千もの配列バリアントを検査する。MAVEデータは基礎研究および臨床研究において重要であるにもかかわらず、…

2026/04/18,19 追記 生命のあらゆる情報はDNAで符号化されている。ゲノムコードの配列決定、合成、編集ツールは生物学研究に革命をもたらしたが、新たな生物系をインテリジェントに構築するには、ゲノムに符号化された膨大な複雑性への深い理解も不可欠であ…

全ゲノムショットガンシーケンスとアセンブリは日常的になった。しかし、新規アセンブリゲノムにおけるタンパク質コード遺伝子の同定は依然として複雑で、時間と労力を要する。その結果、公開データベースの多くの真核生物ゲノム配列は包括的な遺伝子アノテ…