macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

pan-GWAS

タンパク質のMSA中のSNPを比較することにより、SNP共起パターンを同定する SpydrPick

共分散に基づく共選択的圧力下での多型の発見やエピスタシスは、近年、集団ゲノム科学において非常に注目されている。染色体上の対立遺伝子の集団レベルでの共分散を統計的にモデル化し、多型のペア間の依存性をモデルフリーで検定することで、細菌集団にお…

微生物パンゲノム解析のスコア付けを行う Scoary

ゲノムワイド関連研究(GWAS)は、ヒトの医学やゲノミクスにおいて不可欠なものとなっているが、細菌を対象とした研究はほとんど行われていない。本発表では、パンゲノムの構成要素について、観察された表現形質との関連を、集団の階層性を考慮しながら、進…