macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

pan-GWAS

表現型マルチオミクスデータと微生物パンゲノムの迅速な関連付けを行う Scoary2

細菌の遺伝子機能解明は、食品生産、薬理学、生態学など様々な分野の進展を牽引している。オミクス技術が高次元の表現型データを捕捉する一方で、それらをゲノムデータと関連付けることは困難であり、細菌遺伝子の40~60%が未解明のままである。このボトル…

タンパク質のMSA中のSNPを比較することにより、SNP共起パターンを同定する SpydrPick

共分散に基づく共選択的圧力下での多型の発見やエピスタシスは、近年、集団ゲノム科学において非常に注目されている。染色体上の対立遺伝子の集団レベルでの共分散を統計的にモデル化し、多型のペア間の依存性をモデルフリーで検定することで、細菌集団にお…

微生物パンゲノム解析のスコア付けを行う Scoary

2024/04/09 追記 2025/04/17 インストール追記 ゲノムワイド関連研究(GWAS)は、ヒトの医学やゲノミクスにおいて不可欠なものとなっているが、細菌を対象とした研究はほとんど行われていない。本発表では、パンゲノムの構成要素について、観察された表現形…