macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

chimera transcript

De novoトランスクリプトームアセンブリで誤ってアセンブリされたキメラ転写産物を除去する Bellerophon

トランスクリプトームの品質管理は、RNA-Seq実験において重要なステップである。しかし、de novo アセンブルされたトランスクリプトームの品質を評価することは、アセンブルを比較するリファレンスゲノムがないために困難である。本著者らは、キメラ配列の除…

ハイスループットシーケンシングデータから既知のヒトキメラ配列を迅速かつ正確に同定する ChiTaH

融合遺伝子やキメラは、通常、2つの異なる遺伝子からの配列で構成されている。このような融合配列のキメラRNAは、しばしばガンのドライバーとして機能する。このようなドライバーfusionを特定することは、診断や治療に重要である。DNA-SeqやRNA-Seqなどの次…

グラフ構造に基づいてキメラコンティグを識別する、ショートリードのde novo transcriptomeアセンブラCStone

RNA-Seq実験で得られたコンティグを含め、過去10年間に蓄積された配列情報は飛躍的に増加しており、リードデータをアセンブルする際にはキメラ配列の定量が必須となっている。トランスクリプトームでは、de novoでアセンブリされたキメラは、基本的な転写産…

融合遺伝子とキメラ転写産物を検出する ChimPipe

2020 5/11 リンク追加 2021 12/5 誤字修正 キメラtranscriptsは、ゲノム中の異なる2つ以上の遺伝子に由来する配列を有する転写産物であり[論文より ref.1]、ゲノムまたは転写レベルでいくつかの異なる生物学的メカニズムによって説明することができる。ガン…

高速なRNA seqのマッピングツール STAR

2019 2/15 動画とbiocondaによる install追加 2020 7/6 コメントとhelp追加 2021 10/9 gzip fastqのオプション追記 2021 12/5 chimera出力について追記 STARは高速なRNAのアライメントツール。intron-exonのsplit-alingmentに対応している。動作はbowtie2よ…