アミノ酸配列からのタンパク質フォールド予測における最近のブレークスルーは、新しい構造の洪水を解き放った。タンパク質空間への洞察を広げ、生物工学や治療法への実用化を追求する新たな機会をもたらすと同時に、新たな課題も提示している。それと同時に…

2024/10/05 追記 MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）ソフトウエアは、計算分子進化の手法とツールの大規模なコレクションを含むまでに成熟した。ここでは、MEGAを種、病原体、遺伝子ファミリーのタイムツリーを構築するための、より包括的な…

2024/06/24 誤字修正, 9/5 誤字修正 2025/04/30 追記 2025/05/29 追記 2020年の論文 IQ-TREE（http://www.iqtree.org）は、最尤法を用いた系統推論を行うための、ユーザーフレンドリーで広く利用されているソフトウェアパッケージである。2014年にバージョン…

近年、配列決定技術の高度化によってNCBIのタンパク質NRデータベースは急速に成長しており、特定の種の生物のタンパク質は過剰に公開されている。このため、特に過剰に読まれた生物の配列かそれに進化的に近縁な生物の配列を使ってBLASTサーチを実行すると、…

生物の分子進化の歴史を理解するには、通常、近縁種や系統のゲノム領域を視覚的に比較する必要がある。このタスクを達成するためのアプリケーションはすでにいくつか存在するが、それらは古すぎたり、限定的すぎたり、あるいは複雑すぎたりして、ほとんどの…

タンパク質の機能アノテーションは生物科学における長年の課題の一つであり、様々な計算手法が開発されてきた。しかし、既存の方法では、GOファミリーの数が多く、アノテーションされたタンパク質が少ないという深刻なロングテール問題に悩まされている。そ…

Comparative Genome Dashboardは、生物間の遺伝子機能の類似点と相違点をインタラクティブに探索するためのウェブベースのソフトウェアツールである。このツールは細胞機能のハイレベルなグラフィカルな調査を提供し、興味のあるサブシステムをより詳細に調…

RNA-seqリードのシミュレーションは、バイオインフォマティクスツールの評価、比較、ベンチマーク、開発において極めて重要である。しかし、RNA-seqシミュレータの分野は過去10年間ほとんど進歩していない。このニーズに応えるため、本著者らは柔軟で高度に…

配列比較による相同性の検出は、タンパク質の機能と進化の研究における典型的な最初のステップである。この研究では、タンパク質言語モデルのこのタスクへの適用可能性を探る。pLM-BLASTはBLASTにインスパイアされたツールであり、タンパク質言語モデルProtT…

ゲノムのコンタミネーションは、比較進化ゲノミクスからメタゲノミクスに至るまで、様々なダウンストリームアプリケーションに影響を及ぼす問題として、ますます認識されるようになってきている。ここでは、ContScoutを紹介する。ContScoutは、アノテーショ…

最近のロングリードシーケンス技術の進歩により、高品質なゲノムアセンブリの作成が大幅に容易になった。テロメアtoテロメアなギャップレス（T2T）アセンブリは、ゲノムアセンブリの新たなゴールデンスタンダードとなっている。最近、T2Tレベルのリファレン…

ゲノムおよびメタゲノムの比較は、サンプル間で異なる、または共通する遺伝的エレメントを同定することに依存している。これらの遺伝的エレメントは、シークエンシングリードをアセンブルし、アセンブリ中の遺伝的エレメントを同定することによって、または…

タンパク質毒素は生物学における重要な分子兵器であり、隣接する細胞を攻撃するために使用される。細菌はタンパク質毒素を使って、原核細胞や真核細胞を死滅させたり、成長を阻害したりする。毒素は、様々な生息環境におけるマイクロバイオームの形成、ファ…

タンパク質の機能は、その結合特異性や触媒活性を決定する機能的残基によって左右されるが、通常、タンパク質の機能をアノテーションする際にこれらの残基は考慮されない。生物学者がタンパク質の機能的残基を調べるのを助けるために、本著者らは2つの対話型…

2024/06/03 タイトル修正、誤字修正 生物学的配列の大規模なデータベースが利用可能になったことで、遺伝子の多様性と機能を深く探求する機会がもたらされた。細菌防御系は、多様であるがアノテーションが困難な遺伝子の豊富な供給源であり、バイオテクノロ…

微生物群集の全ゲノム配列を決定するメタゲノミクスは、複雑な生態系に対する洞察を提供してきた。新規微生物の発見を容易にし、群集の相互作用を説明し、様々な分野で応用されている。ハイスループットと第3世代シーケンシング技術の進歩は、その普及にさら…

tmhmm.pyはPython 3.5+で実装された transmembrane helix hidden Markov model (TMHMM) 。以下の理由で公開されている。 公開されているのはいくつかの理由がある： ソースコードが出版物の一部として入手できない、 ダウンロード可能なバイナリはLinux専用…

原核生物の転写因子はリガンドによって遺伝子発現を制御するバイオセンサーとして利用可能であるが、現在はバイオセンサーが存在する化学リガンドのランドスケープは極めて限られている。この状況を拡大するために、本著者らは、enzyme reaction databasesの…