macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

LLM

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ローカルLLMのモニターとベンチマークのためのツール Anubis-OSS

2026/08/20 推敲 レポジトリより Anubisは、Ollama、MLX、oMLX、LM Studio Server、OpenWebUI、Docker Modelsなど、OpenAI互換のあらゆるエンドポイントを利用してローカルLLM(大規模言語モデル)のベンチマーク、比較、管理を行うためのmacOSネイティブア…

MCPを用いて自然言語で生命科学ナレッジグラフを探索する TogoMCP

DBCLSが維持管理するRDF Portalの知識グラフは、約60の生命科学データベースを統合しているが、これを検索するにはSPARQLと各データベース固有のRDFスキーマの両方に精通している必要があり、そのため大多数の研究者にとって利用が困難なリソースとなってい…

(ヒト) ゲノム基盤モデルを使ってClinVarバリアントの影響を説明する EVEE

科学分野の基盤モデルは、多様なデータモダリティから高次元の表現を学習するが、それらが具体的に何を符号化しているのか、またその知識をどのように抽出するのかは、依然として未解明の課題である。本研究では、70億パラメータを持つゲノム基盤モデル「Evo…

LLMで海洋メタゲノムの二次代謝産物を探索する DeepSeMS

微生物由来の二次代謝産物(SM)は大きな治療効果を持つ可能性を秘めているが、主に培養種から発見されており、微生物の生物多様性のほんの一部しか表していない。メタゲノミクスの進歩により、生合成遺伝子クラスター(BGC)の宝庫が明らかになったが、ゲノ…

Google NotebookLMを使う

2026/05/07 誤字修正, 5/8 Fast search => Fast Research Google NotebookLMは、読み込ませた論文や資料をもとに、要約や質問応答ができるAIノートブックです。複数の論文を読み込ませて論点を整理したり、チャット形式で質問したりと多彩な利用法があります…

バイオインフォマティクスのプロットを出力するLLM搭載プラットフォーム PlotGDP

高品質なバイオインフォマティクスプロットは、生物学研究、特に論文発表の準備において重要である。しかし、論文発表に適したプロットを作成するには、学習曲線が長く、コーディング環境の設定が複雑になるという課題がつきまとう。そこで本稿では、バイオ…

ウェブページをmarkdown記法に変換するブラウザの拡張機能 .MD this page

.MD this pageは、今見ているサイトをmarkdown記法に変換するツールで、chromeやfirefoxの拡張機能として使用できます。試してみます。 インストール Chromeを選択、 拡張機能に追加する。 サイトの上で右クリックして.MD this pageを選択する。もしくはopti…

ollama、qwen-code、hermes-agentを使う

2026/04/10 追記 2026/04/15 claude codeの部分を修正、4/25追記 久しぶりのブログ更新です。全然更新できず申し訳ありません。 2026年に入ってから、エージェントタスクに関する話題が一気に加速しています。やや誇張かもしれませんが、コミュニティでは毎…

堅牢で再現性の高い可視化のための自己デバッグ型マルチモーダルエージェント ggplotAgent

出版物レベルの可視化を作成することはバイオインフォマティクスにおいて不可欠であるが、コーディングの専門知識が限られている研究者にとっては依然としてボトルネックとなっている。大規模言語モデル(LLM)はコード生成に長けているが、ライブラリの依存…