macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GSEA

clusterProfiler を使ってKEGG pathway Enrichment Analysisを行う

2022/05/30 タイトル修正 機能エンリッチメント解析は、生命科学におけるハイスループットなオミックスデータを解釈するために極めて重要である。この種のツールは、できるだけ多くの生物について最新のアノテーションデータベースを使用することが重要にな…

(ヒト)パスウェイエンリッチメント解析のためのウェブアプリケーション DecoPath

過去20年間で、パスウェイデータベースとパスウェイエンリッチメント法は着実に発展してきた。しかし、パスウェイデータの出現に伴い、データベース間の相互運用性が改善されていないため、複数のデータベースから得られたパスウェイ知識をパスウェイ・エン…

RNA-Seqデータの包括的かつ効率的な解析のためのウェブアプリケーション OneStopRNAseq

過去10年間で、大量のRNAシーケンス(RNA-seq)データが公開リポジトリに寄託され、さらに前例のない速度で生産されている。しかし、汎用性が高く、RNA-seqデータセットの包括的な解析を合理的に行うことができる、ポイント&クリックのインターフェースを持…