macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

protein domain

InterProScan 5

2014年の論文より ロバストな大規模配列解析は、生物学者が何百万もの配列の特徴を明らかにしようとしている現代のゲノム科学における大きな課題である。ここでは、広く使われているタンパク質機能予測ソフトウェアパッケージInterProScanの新しいJavaベース…

(ヒト)遺伝子スクリーニングの結果をタンパク質の配列と構造にリンクする Genomics 2 Proteins portal

近年のAIを用いた手法の進歩は、構造生物学の分野に革命をもたらした。それと同時に、ハイスループットシークエンシングと機能的ゲノミクス技術により、バリアントの検出と生成がかつてない規模で可能になった。しかし、バリアントをタンパク質構造に「マッ…

縮小アミノ酸アルファベットを用いたタンパク質構造の3次元可視化と解析のウェブサーバ RaacFold

タンパク質構造はDNA構造よりも複雑で多様であり、通常、機能、相互作用、生物学的注釈の解釈に影響を与える。Reduced amino acid alphabets (Raaa) は、タンパク質の複雑さを軽減し、機能的に保存された領域を同定する強力な能力を示す。RaacFoldは、58の還…

多様な節足動物ゲノムの迅速な機能アノテーションのためのワークフロー(interproscan)

ゲノム技術によって遺伝子に関する情報はかつてないほど急速に蓄積されており、Earth BioGenome Project、i5k、Ag100Pest Initiativeなどのシーケンスイニシアティブによって、この取得速度がさらに加速されると予想される。しかし、ゲノム解読を人の健康や…

保存されているタンパク質ドメインを検索するNCBIの CD-Search

2023/02/22 タイトル修正 2004年に最初の論文(ref.1)が出たNCBIのCD-Searchサービスは、RPS-BLASTを用いてクエリタンパク質配列を多くのソースデータベースから収集された保存ドメインモデルと比較し、保存されているタンパク質ドメインヒットを提示する。…

グラフニューラルネットワークを用いてタンパク質機能予測を行う PANDA2

ハイスループットなシークエンス技術により、大量のタンパク質配列が生成されているが、タンパク質配列のアノテーションは、低スループットで高価な生物学的実験に大きく依存している。そのため、タンパク質配列から機能的な知識を推測するために、正確かつ…

グラフ畳み込みネットワークによりタンパク質の機能予測を行う DeepFRI

2023/04/05 追記 配列データベースに登録されるタンパク質数の急増とその機能の多様化により、自動的な機能予測のための計算機によるアプローチが課題となっている。本発表では、タンパク質言語モデルとタンパク質構造から抽出した配列特徴を利用して、タン…

reCOGnizer

Githubより reCOGnizerは、RPS-BLASTとCDDのデータベースをリファレンスとして、ドメインベースのアノテーションを行う。現在実装されている参照データベースはCDD, NCBIfam, Pfam, TIGRFAM, Protein Clusters, SMART, COG and KOGとなっている。reCOGnizer…

タンパク質セットの2次元の特徴を表現するカスタマイズ可能なwebツール ProFeatMap

ProFeatMapは、ドメイン、繰り返し配列、翻訳後修飾の位置などのタンパク質の特徴を、カスタマイズ可能なグラフィカルな2Dマップに素早く表示する、Pythonベースの直感的なウェブサイトである。ProFeatMap は、ユーザー定義のタンパク質リストから出発して、…

Genome properties (GP)

現代のDNAシーケンシング技術は、単離した生物のみならず、生物のコレクション(メタゲノミクス)のDNA配列を決定する能力に革命をもたらした。一握りの特徴づけられた配列から新規ゲノムにコードされた遺伝子への自動アノテーションは、特に原核生物ゲノムで…

eggNOG データベース

2022/06/25追記 eggNOG 5.0のペーパーより 分化イベント後に共通の祖先から分岐したオルソログを同定することは、分子生物学および進化生物学における基本的な課題である。 duplication eventの後に分岐した配列であるパラログと比較して、オルソログは長い…

Functional enrichment analysisとID変換を行う g:Profiler

2019 9/12 誤字修正、おかしな文章削除 ハイスループット研究からの遺伝子リストの解釈には、最新のデータに基づいた有能で便利なツールが必要である。 Enrichr(ref.1)、WebGestalt(ref.2)、Metascape(ref.3)、KOBAS(ref.4)、AgriGO(ref.5)などのf…