2019-10-01から1ヶ月間の記事一覧
2019 11/3 タイトル修正 これまでに特定されていない分類群を含む分類群の分類は、南極の乾燥した谷にある永久に氷に覆われた湖を含む、記載されていない生息地の微生物群集を特徴付ける重要なタスクである。現在の監視された系統発生ベースの方法は、そのよ…
シーケンシング技術の開発により、さまざまな種のゲノムを取得することが容易になっている。 NCBIゲノムデータベース（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/）では、最大で4963の真核生物、125,679の原核生物、12,952のウイルス、10,916のプラスミ…
2019 11/6 タイトル修正、説明追加 重要な生物学的および進化的洞察は、種の系統発生にわたる遺伝子および機能的アノテーションの有無を調査することにより生成できる。これらには、予期しない taxonomic occurrences の特定（ref.1）、遺伝子の進化的起源の…
2019 10/28 誤字修正、コメント追加、11/5 誤字修正、捕捉追加、11/6 追記 2020 2/21 インストールコマンド修正、3/4 ツイート追加、4/21 インストールの説明を修正、8/23 補足 、9/9 KBase補足、論文リンク追加、12/28 データベースダウンロードリンク更新 …
2022/06/25追記 eggNOG 5.0のペーパーより 分化イベント後に共通の祖先から分岐したオルソログを同定することは、分子生物学および進化生物学における基本的な課題である。 duplication eventの後に分岐した配列であるパラログと比較して、オルソログは長い…
2019 10/27 twitter追記2 019 10/27 ブラウザについて追記 大規模ゲノミクスは、微生物の理解を深めるために役立っている。微生物学は、数千のシーケンスされたゲノムを利用できるデータ集約型の分野に発展した（ref.1–3）。過去20年以上にわたり、シークエ…
2019 10/26関連ツール追加、10/26 インストール手順修正、10/29 同上、10/29 コメント追加 2020 6/28 論文とツイート追記、実行手順は確認中、2/7, 4/27, 4/29 インストール手順とラン手順追記 2021 5/1 dockerインストール追記、5/12 バグ修正手順追記（非…
2019/10/24 MetaCycの結果追記 2021 1/27 誤字修正 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」（ORF）]およびリボソーム…
iMicrobeは、研究者自身のデータを公開し、精選された微生物のメタゲノムデータセットと分析のための高性能コンピューティング（HPC）メソッドに接続するプラットフォームである[ref.1]。過去10年間で、シーケンシングのコストはムーアの法則をはるかに上回…
2019 10/22 タイトル修正 ウイルス感染によって引き起こされるヒト感染症の治療のためのウイルスゲノム研究の途方もない価値のために、Webサーバーやデータベースを含む多くのウイルス情報学リソースが開発された（Sharma et al、2015）。 RefSeqデータベー…
高スループットシーケンスを使用して細菌宿主内のプラスミドの存在とダイナミクスを研究する場合、多くの場合、シーケンスをプラスミドまたは細菌起源のものとして分類する必要がある。これは、メタゲノムシーケンスの場合に特に当てはまる。メタゲノムシー…
バイオインフォマティクスで最も古く、おそらくおそらく最も重要なツールは、1つまたは複数の配列のアラインメントである。アラインメントは、ある配列が別の配列とどのように類似しているかを示し、類似の配列パターンの豊富さを定量するために使用できる。…
2020 3/3 論文追記 過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し…
ヒトDNAシーケンス研究では、多くの場合、複数の研究所や個人によるDNAサンプルと関連するマニフェストの取り扱いが含まれる。 WESとWGSの両方のプロトコルには、シーケンス前の複数のDNA操作が含まれる。新しい手順や処理はそれぞれ、サンプルの混同、汚染…
#今回からDNAシーケンシング => DNAシークエンシングに統一。 第二世代シークエンシングは、完全なゲノムシークエンシングのための最も費用対効果が高く、すぐに利用可能な技術である。完全なゲノム配列のアセンブリとscaffoldingはしばしば課題のままとなっ…
2019 10/16 誤字とおかしな文章を修正 2019 10/17,10/18,10/20同上 2019 10/19 次回について追記 2020 4/9 macの写真を更新 2020 4/29動画リンク追記 2020 5/12 anaconda3.8 ダウンロードリンク追記 2020 7/26 仮想環境追記 昨日ツイートしていた通り、次世…
環境試料および宿主関連試料（メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス）のDNAおよびRNAのハイスループットシークエンシングは、どの生物が試料中に存在するかを評価するための強力なツールである。Taxonomy同定ソフトウェアは通常、個々のショート…
2020 9/24 論文引用 完全な原核生物ゲノム間の構造的変化を視覚化することは、系統の違いの遺伝的基盤を特定するために重要である。これは通常、連続したペアワイズ比較または複数の線形の結果を線形レイアウトまたは環状レイアウトで表示することで実現され…
急速に発展するハイスループットシーケンステクノロジーにより、シーケンスリードからのde novoゲノムアセンブリは、シーケンステクノロジーの主要なアプリケーションになった。これまでに、多くのゲノムアセンブリソフトウェアツールが開発されている[ref.1…
微生物ゲノムまたはメタゲノムをアセンブリするための多くのツールが存在するが（Simpson et al、2009、Li et al、2015、Nurk et al、2017）、それらはすべて反復ドメインを有するタンパク質をコードする長い遺伝子を含むコンティグに関して限界がある。長い…
2019 11/17 補足説明追記 2019 12/28 インストールコマンド修正 2020 1/17 実行例追加 2020 10/19 help更新 (v.1.2.10) 2021 2/22 ツイート追記 本著者らはパブリックシーケンスデータベースへのゲノム送信をサポートする原核生物ゲノムアノテーションパイプ…
Mobile genetic elements（MGE）として知られるファージとプラスミドは、原核生物や真核生物の間で遺伝情報を交換するとともに、水平遺伝子伝達（HGT）の主要な参加者である[ref.1]。そのようなエレメントは、宿主と相互作用することによって微生物群集を調…
ロングタンデムリピート（LTR）アレイはヘテロクロマチンと関連しており、ヒトゲノムで重要な役割を果たしている。たとえば、（TTAGGG）n TRはテロメアを保護し（Blackburn and Gall、1978）、（AATGG）nリピートはヒートショックレスポンスに関与し（Goenka…
比較ゲノミクスには、特にシンテニー領域の挿入、欠失、および変異の特定のための、シーケンシングされたゲノムの比較が含まれる。複数のゲノムの特定の領域間のアライメントを視覚化することは、株や種の間の表現型の変化の根底にある遺伝子型の違いを識別…
ゲノムシーケンステクノロジーの急速な進歩に伴い、ゲノムシーケンスデータに基づいてゲノムバリアントを特徴付けるための多くのバイオインフォマティクスツールが開発されてきた。実際の生物学的サンプルから実験的に検証されたゴールドスタンダードゲノム…
メタゲノム配列の分類は、高速で正確かつ情報豊富でなければならない。新しいロングシーケンステクノロジーは、これらの要素間のバランスを改善することを約束するが、ほとんどの既存の方法はショートリード用に設計されている。 MetaMapsは、ロングリリード…
2021 4/28 追記 シーケンシングデータからバリアントをコールする方法は、一塩基多型（SNP）を超えて、短い挿入および欠失（indels）、短いタンデムリピート（STR）、MNP、構造変異（SV）などがターゲットになってきている。これらの異なるクラスのバリアン…
エクソームシークエンシング（ES）は、多数のヒト表現型および疾患に寄与する遺伝的変異を同定することにおいて非常に成功している (Gilissen et al., 2011; Do et al., 2012).。しかしながら、疾患を引き起こす変異および突然変異を同定する実際のプロセス…
真核生物ゲノムの遺伝子のorderは、進化を通じてあまり保存されない傾向がある（DávilaLópezet al。、2010）。この傾向にもかかわらず、 遺伝子の特定のグループは、長い進化距離にわたってゲノム内に近接したままであり、これは、選択がそれらのゲノムの共…
ハイスループットの生物学は、ますます複雑な実験計画で、データの数を増やしている。これらのデータの分析では、多くの場合、遺伝子名やOTU（Operational Taxonomic Unit）を含む生物学的識別子のリストが生成される。これらは異なる方法（微分分析）または…
