intron
2022
Bioinformatics
GTF
intron
UTR
transcription start site (TSS)
differential exon usage (DEU)
independent intron
bed
Ensembl
遺伝子中心のバイオインフォマティクス研究では、遺伝子モデルを操作して、スプライスサイト、プロモーター、独立イントロン、非翻訳領域（UTR）など、遺伝子の様々な特徴を計算または抽出することが頻繁に行われる。遺伝子モデルは、GTF(Gene Transfer Form…
Molecular Ecology Resources
2023
Chloroplast DNA (plastome)
結果の視覚化 (visualization)
web tool
Long Terminal Repeat retrotransposons (LTR-RTs)
repetitive sequences
intron
クロロプラストゲノムは、植物の系統や進化を研究する上で広く利用されている。クロロプラストゲノムの可視化ツールは、ゲノム上の遺伝子の分布を表示するためにいくつか開発されている。しかし、これらのツールは、エクソン、イントロン、繰り返し要素、可…
GFF
GTF
format conversion
ab initio gene prediction
reciprocal best hit
filtering
intron
UTR
ENA
eukaryotic genome annotation
pseudogene
mask
2023/02/27 intron addに追記 HPより AGATは、あらゆる種類のGTFやGFFの欠落情報（特徴や属性）をチェック、修正、追加し、完全でソートされた標準的なgff3形式を作成する能力を備えている。長年にわたり、GTF/GFFフォーマットファイルに関連するあらゆるタ…
