微生物の生態と進化に関するデータ駆動型研究は、厳選され統合された語彙に基づいた、微生物生息環境の高品質な記述に依存している｡本研究では、微生物の生息環境と生活様式を記述するための148の用語からなる実用的な統制語彙であるmicrontology v1.0を発表…

OrthoDB (https://www.orthodb.org) は、真核生物、原核生物、ウイルスにわたる極めて広範な生物種を対象に、オーソログ（オルソログ）遺伝子の進化および機能に関するアノテーションを提供し、実験的に明らかにされた遺伝子機能の知見を新規に解読されたゲ…

2026/07/14 追記 タンパク質配列のアラインメントはバイオインフォマティクスにおける重要な課題だが、特にギャップの扱いの難しさから、配列同一性が低い遠縁の相同タンパク質（リモートホモログ）をアラインメントすることは依然として困難な課題となって…

2026/07/11 タイトル変更 酵素の特性を向上させるための改良は、依然として費用と時間がかかるプロセスである。既知のタンパク質配列のデータベースをスキャンして、類似の触媒活性と強化された特性を持つ酵素を見つけることは、効率的で価値のあるアプロー…

多様なオミクスデータの解析において、PCA、UMAP、t-SNE、変分オートエンコーダーなどの手法を用いて低次元埋め込みを計算することは、一般的かつ重要な前処理ステップである。これらの埋め込みは、サンプル分布とその関係性を包括的に把握することを可能に…

微生物の代謝産物生合成遺伝子クラスターは、生態学的適応やマイクロバイオーム内での相互作用を促進し、医薬品や作物保護剤の主要な供給源となる代謝産物の生合成や異化を担っている。本論文では、遺伝子クラスターの解析をスケーラブルかつ高精度、かつイ…

細菌は真核生物の宿主と密接に共生する適応能力を幅広く持ち、宿主の成長や健康に有害、中立、あるいは有益な影響を与える。しかし、ニッチ適応に関与する遺伝子のほとんどは未知であり、その機能も十分に明らかにされていない。ここでは、ゲノムアノテーシ…

過去40億年にわたる生命は、タンパク質とその三次元構造への集合能力によって形作られてきた。タンパク質配列アライメントは、生命の系統樹全体におけるタンパク質の進化と機能的適応を解明するための基盤技術となっている。一次配列のみから三次元タンパク…

複雑な微生物群集の特性解析は、微生物とその環境との複雑な関係を理解する上で不可欠であるため、マイクロバイオーム研究における重要な課題である。メタゲノムプロファイリングは、微生物群集の分類学的、機能的、および株レベルのプロファイリング（TFSP…

AI推敲済み Transformerは機械学習に革命をもたらしたが、その内部構造は多くの人にとって依然として不透明である。そこで本著者らは、非専門家がGPT-2モデルを通してTransformerについて学ぶことができるように設計されたインタラクティブな視覚化ツール、T…

Ancestral recombination graphs (ARGs)は、組換えを起こす系統間の遺伝的関係を完全に表現したものであり、集団遺伝学において中心的な重要性を担っている。近年のシミュレーションおよび推論手法の飛躍的進歩により、ARGへの関心が高まっている。しかし、A…

RNAの二次構造（2D）の可視化は、RNAの機能を理解するために不可欠なツールである。R2DTは、RNAの2次構造を、一貫性があり、認識可能で、再現性のあるレイアウトで可視化するために設計されたソフトウェアパッケージである。最新リリースのR2DT 2.0では、一…

１、デザインの変更について 注目記事が表示される件数を50に増やしました。 ２、アクセスログ 久しぶりにアクセスログを見てみました。気づいたら400万アクセスを突破していました。 いつもたくさん見ていただきありがとうございます。励みになります。 ブ…

核局在シグナル（NLS）と核外輸送シグナル（NES）は、核膜孔複合体を介したタンパク質の核細胞質輸送を媒介し、タンパク質機能の重要な決定因子である。しかし、これらのシグナルの短く縮重した配列パターンは、配列ベースの予測手法において偽陽性率が高く…

Codexのアップデートにより、いつでも使える Voice dictation 機能が追加されました。これを使うと、有料のサブスクリプション型音声入力サービスを使わなくても、実用的な音声入力を常に利用できます。条件はCodexが起動中であることだけです。 https://dev…

メタゲノム解析ワークフローは、品質管理やアセンブリからビニング、アノテーション、株レベルのプロファイリングに至るまで、複雑な多段階解析を伴う。既存のメタゲノム解析パイプラインで、柔軟性、再現性、ハイブリッドアセンブリのサポートを統一された…

メタゲノムシーケンスは微生物群集に関する知見を提供するが、サンプル間汚染などの技術的バイアスによってその精度が損なわれる可能性がある。この現象は、同時処理されたサンプル間で微生物成分が意図せず交換されることで発生し、微生物プロファイルを歪…

微生物由来の二次代謝産物（SM）は大きな治療効果を持つ可能性を秘めているが、主に培養種から発見されており、微生物の生物多様性のほんの一部しか表していない。メタゲノミクスの進歩により、生合成遺伝子クラスター（BGC）の宝庫が明らかになったが、ゲノ…

タンパク質とリガンドの相互作用を解明することは、生物学的メカニズムの理解と創薬の加速に不可欠である。事前の知識なしに結合部位を特定するブラインドドッキングは、クライオ電子顕微鏡やAlphaFold3などのAIベースの予測ツールによって生成される膨大な…

タンパク質言語モデル（pLM）は、機能、構造、進化に関する情報をエンコードするタンパク質ごとの埋め込みを生成するが、これらの表現で捉えられた関係を体系的に探索することは依然として困難である。ProtSpace（https://protspace.app）は、pLM埋め込み空…

大規模な細菌比較ゲノム解析には、ゲノムアセンブリとその生物学的コンテキストを記述する包括的なメタデータが必要である。NCBI Genomeにはアセンブリが、BioSampleには採取日、宿主、場所などの重要なコンテキストフィールドが保存されているが、統合され…

2026/05/07 誤字修正, 5/8 Fast search => Fast Research Google NotebookLMは、読み込ませた論文や資料をもとに、要約や質問応答ができるAIノートブックです。複数の論文を読み込ませて論点を整理したり、チャット形式で質問したりと多彩な利用法があります…

ゲノムバリアントとその予測される機能的影響の注釈付けは、ゲノム研究および臨床診断において重要なステップである。広く使用されているEnsembl Variant Effect Predictor (VEP) はPerlで実装されているが、最新のシーケンス研究によって生成されるますます…

2026/04/30 更新 多重配列アライメントは、タンパク質の構造と機能の予測から系統樹の推論まで、多くのバイオインフォマティクスおよび計算生物学解析において重要なステップである。しかし、大きく異なる配列アライメントには、しばしばかなりの量のノイズ…

分類学的構成の決定（分類学的プロファイリング）は、環境および宿主関連微生物群集の研究における基本的なタスクである。しかし、地球上のゲノム解像度の微生物多様性は依然として十分にサンプリングされておらず、分類学的プロファイリング中に検出された…

OpenAIのCodexは、ChatGPT上で動作する、自然言語指示でコードの生成・修正・テスト・ファイル編集を自律的に行う高度なコーディングエージェントです。cluade codeとともに広く使われています。軽く試してみましょう。 HP https://openai.com/ja-JP/codex/ …

ナノポアシーケンスは、R10.4.1フローセルと高性能Transformerベースのベースコールモデルの登場により、新たな精度基準を達成した。しかし、既存のシグナルシミュレーターは、静的なポアモデルに依存したり、ベースコールに関連する最適化目標が欠如してい…

高品質なバイオインフォマティクスプロットは、生物学研究、特に論文発表の準備において重要である。しかし、論文発表に適したプロットを作成するには、学習曲線が長く、コーディング環境の設定が複雑になるという課題がつきまとう。そこで本稿では、バイオ…

.MD this pageは、今見ているサイトをmarkdown記法に変換するツールで、chromeやfirefoxの拡張機能として使用できます。試してみます。 インストール Chromeを選択、 拡張機能に追加する。 サイトの上で右クリックして.MD this pageを選択する。もしくはopti…

HumanBaseは、組織および細胞型特異的な変異効果予測フレームワークと遺伝子機能ネットワークを、下流解析ツールと組み合わせた、ユーザーフレンドリーで無料のサーバーで提供する。62,000を超える公開データセットを統合し、堅牢なパイプラインを使用して前…