macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

transporter

複数のゲノムから種を代表する代謝モデルを自動的に再構成する pan-Draft

未培養生物種のゲノムスケール代謝モデル(GEM)を正確に再構築することは、メタゲノムアセンブリゲノム(MAG)に典型的に見られる不完全で断片的な遺伝情報のために困難である。既存のツールは単一ゲノムの配列相同性を利用しているが、本研究ではpan-Draft…

生物間の遺伝子機能の類似点と相違点をインタラクティブに探索するウェブツール Comparative Genome Dashboard

Comparative Genome Dashboardは、生物間の遺伝子機能の類似点と相違点をインタラクティブに探索するためのウェブベースのソフトウェアツールである。このツールは細胞機能のハイレベルなグラフィカルな調査を提供し、興味のあるサブシステムをより詳細に調…

トランスポーターのデータベース TCDB

膜輸送体は、細胞の分子組成やエネルギー状態を決定するチャネル、キャリア、ポンプ、group translocators、電子輸送体などの複雑なネットワークを形成する多様なタンパク質のグループを構成している(ref.1)。これらのタンパク質は、細胞内の全タンパク質の…