macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Computational and Structural Biotechnology Journal

keggcharter

Githubより KEGGCharter は KEGG API と Pathway 機能のユーザーフレンドリーな実装です。特徴は KEGG ID から KEGG Orthologs (KO) への変換、および KO から EC 番号への変換。 主要な分類群の代謝ポテンシャルを KEGG メタボリックマップで表現(上位 10 …

reCOGnizer

Githubより reCOGnizerは、RPS-BLASTとCDDのデータベースをリファレンスとして、ドメインベースのアノテーションを行う。現在実装されている参照データベースはCDD, NCBIfam, Pfam, TIGRFAM, Protein Clusters, SMART, COG and KOGとなっている。reCOGnizer…

UniProtのデータベースから機能的アノテーションとID mappingを行う UPIMAPI

2022/07/12 修正 オミックスやメタオミックス技術は、微生物の機能を探索するための強力なアプローチだが、オミックスデータセットの大きさと複雑さにより、その解析はしばしば困難な課題となる。オミックスやメタオミックス解析のために開発されたソフトウ…

カスタマイズ可能なボルケーノプロットを作成するwebサービス ggVolcanoR

ボルケーノプロットやその他の分析プロット(相関プロット、アップセットプロット、ヒートマップなど)は、トランスクリプトームやプロテオーム解析において重要なデータ可視化方法として機能する。これらのプロットをカスタマイズして作成することは、発現…

真核生物ゲノムの自動アノテーションを行うMOSGAのメジャーアップデート

利用可能なゲノム情報の数が非常に増えているため、アクセスしやすく、使いやすい解析ツールの必要性が高まっている。真核生物のゲノムアノテーションを容易にするために、本著者らはMOSGAを作成した。この研究では、ゲノムデータに対するいくつかの高度な解…