macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2024-11-01から1ヶ月間の記事一覧

メタゲノム配列プロファイリングのためのMinimizerベースのナイーブベイズ分類器 MNBC

メタゲノムシーケンスリードを分類するための最先端のツールは、迅速かつ正確な選択肢を提供するが、単一のツールで両者を組み合わせることは、常に改善される研究分野である。機械学習ベースのNaïve Bayes Classifier (NBC)アプローチは、サンプル内のすべ…

複雑な構造変異を発見するために特別に設計されたロングリードアライナー VACmap

逆位、重複、その他の医学的に重要な変異は、日常的な遺伝子解析では無視されがちである。リピートの性質と複雑さにより、最新の配列アラインメント手法では正確にアラインメントすることが困難である。本著者らは、この限界が、 linear edits(欠失、挿入、…

HiFiリードを使う複雑な植物オルガネラゲノムのde novoアセンブリツール Oatk

植物オルガネラゲノム、特に複雑な繰り返し構造を持つ巨大なミトコンドリアゲノムは、アセンブリにとって大きな課題である。ロングリードシーケンス技術の登場は、完全長のゲノムを構築する画期的な機会を提供するが、代替構造を解決する問題は依然として残…

高速なトランスクリプトームアノテーションパイプライン TransAnnot

深くシークエンシングされ、de novoアセンブルされたトランスクリプトームのアノテーションは、最新のツールの中には動作が遅く、インストールが難しく、使いにくいものがあるため、依然として難題である。TransAnnotはトランスクリプトームのアノテーション…