macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Journal of Microbiology

最新のバクテリアコア遺伝子セットを使った系統解析パイプライン UBCG2

2021 6/3 誤字修正 系統樹の再構築は、近年、細菌種間の進化関係を解明するための日常的かつ重要な作業となっている。最も広く用いられている方法は、細菌のドメイン全体に普遍的に存在するシングルコピーのコア遺伝子を連結して利用するものである。著者ら…

AAIを計算する EzAAI

2021 5/10 追記 平均アミノ酸同一性(AAI)は、ゲノム上の一対の関連性を示す指標であり、原核生物の分類学やその関連分野への応用が複数の研究で提案されている。AAIは、種の分類において標準的な基準である平均ヌクレオチド同一性(ANI)と比較して、種の…