タンパク質とリガンドの相互作用を解明することは、生物学的メカニズムの理解と創薬の加速に不可欠である。事前の知識なしに結合部位を特定するブラインドドッキングは、クライオ電子顕微鏡やAlphaFold3などのAIベースの予測ツールによって生成される膨大な…

2026/02/02 追記 タイトルの通り｡インストールと使う流れだけ簡単に見ていきます｡ HP https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/tools/boltz.html Making Boltz Structure Predictions in ChimeraX https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/data/boltz-apr20…

2025/05/05 論文引用 以前このブログで細菌ゲノム配列およびプラスミド配列のアノテーションを行うBaktaというツールを紹介しました（リンク）。BaktaはFAIRの原則に従った標準アノテーションを高速に実行でき、アノテーション結果をNCBIやENAに直接登録でき…

Sberroら（2019）が行った最近の研究により、ヒトマイクロバイオーム内に存在するスモールタンパク質の広大な未踏空間が明らかになった。現在のところ、これらの小さなオープンリーディングフレーム（smORF）は既存のリファレンスゲノムではアノテーションさ…