2018-05-01から1ヶ月間の記事一覧
微生物集団のゲノム解析であるMetagenomicsは、環境と人体の微生物群集のプロファイリングを、これまでにない深みと幅で可能にする。その急速に拡大している用途は、自然環境や人工環境における微生物多様性の理解に革命をもたらしており、微生物の地域プロ…
メタゲノミクスシーケンスは、感染症における病原体の検出に革命を起こす可能性を秘めている。現在、ほとんどの感染症の診断は、時間がかかり労働集約的な伝統的な文化に基づく方法で行われ、オフターゲット病原体を逃す可能性がある。いくつかの最近の研究…
2019 1/17 タイトル修正 2019 4/16 condaインストール 2019 4/19 ダウンロード方法追記 2019 5/9 パラメータ追記 2019 5/13 test追加 2020 4/16 help更新 アーキアやバクテリアなどの微生物は、土壌や海洋から温泉や深海に至るまで、事実上あらゆる場所で発…
Metagenomicsは、人間の腸[論文より ref.1,2]、土壌[ref.3]および海水表面[ref.4]を含む様々な環境における微生物の動態の培養に依存しない研究を可能にした。メタボノミクスは、直接サンプリングと微生物の遺伝物質のハイスループットショットガンシーケン…
2019 2/26 誤字修正 プラスミドは、自律的複製および接合が可能な環状または線状の二本鎖DNA分子である。プラスミドは生命の３界すべてに記述されている（Antipov et al、2016）。細菌プラスミドは、ヒトに有毒な多剤耐性細菌の急速な増加に寄与しているホス…
2020 4/17 help更新、インストール追記 <Biobambam論文（*1）より> SAM（Sequence Alignment / Matching）およびBAM（Binary Alignment / Matching）ファイルフォーマットは、ハイスループットシーケンシングおよび得られたデータの参照ゲノムへのアライメントによって得られたシーケ</biobambam論文（*1）より>…
環状ゲノム表現は、ゲノム全体のデータを包括的に検査する優れた方法を提供する。 CGView（論文より Stothard and Wishart、2005）、GenomeVx（Conant and Wolfe、2008）、GeneWiz（Hallin et al、2009）およびDNAPlotter（Carver et al、2009）を含む環状視…
ハプロイド哺乳動物Y染色体配列は、大規模な次世代配列決定（NGS）プロジェクトではいくつかの理由により適切に組み立てられないことが多い。 Yは女性には存在せず、男性に1コピーのみ存在する。したがって、所望のシーケンスデプスを得るためには、2倍シー…
微生物は地球の生態系のほぼすべてにおいて重要な役割を果たしており、人間の健康[preprintより ref.1]、植物や動物全てに影響を及ぼす（一部略）。近年、メタゲノム研究は、 安価なハイスループットシーケンシング技術により急速に発展しており、たとえば、…
Ampliconベースの次世代シーケンシング（NGS）は、高スループットな生殖系列（論文より ref.1,2）および体細胞変異検出のためのメジャープラットフォームの1つである（ref.3,4,5,6,7）（一部略）。 NGSのリードは、通常、遺伝子特異的プライマー（試薬由来）…
反復DNAは複雑な生物中のゲノムのかなりの部分を構成し、i） interspersed repeats （以下、散在性反復配列）または transposable elements （以下、転移因子）とii）タンデムリピートの2つのカテゴリーに大別できる（Kumar et al、2010）。反復モチーフの長…
タンパク質データベースの検索は、バイオインフォマティクスなどのライフサイエンス分野で非常に重要な課題となっている。データベースサイズの指数関数的増加と共に分析される新しいデータの量がますます大きくなってきているため、既存のツールを使用した…
2019 5/20 condaインストールおよび引用追記、コメント削除 PEARはオーバーラップするペアエンドリードをマージするツール。フラグメントサイーズがリード長x2より小さい場合、ペアエンドリード間にオーバーラップが存在する。PEARはこのオーバーラップ領域…
2018 10/7 タイトル修正 、11/20 conda追加、12/12 テスト追記 2019 4/26 データベース追記 2022/06/25 help更新, 2033/09/26 コマンドの一部更新 ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNA…
2019 1/17 condaインストール追記 2019 1/29 追記 2020 7/23 誤字修正 2020 7/24 help更新、例修正 シーケンシング技術の急速な進歩により、微生物の大量シーケンシングデータを作成することが可能になった。このようなデータの解析では、コンティグやリード…
リピートDNA配列は、ゲノムにおいて2回以上出現するセグメント配列である。構成にに基づいて、リピートDNA配列は、interspersed repeats（以下、散在反復配列）と tandem repeats（タンデムリピート）に分けることができる。散在反復配列は非常に同一性が高…
2018 10/26 追記, 説明追加 2019 パラメータ追記, パラメータ修正, パラメータ追記, condaインストール追記, 0.14.1のhelpに更新, コメント追記, コマンド追記 2020 1/17 追記, help更新, multiqcと連携する例を追記 2023/01/11 other adapter sequences追記…
ハイスループットシーケンサーの最新世代は、前例のないスケールでデータを生成し、関連するシーケンシングコストが連続的に減少している。特に、トランスクリプトームの包括的なプロファイルを提供するRNAシーケンシング（RNA-seq）技術（論文より ref.1）…
次世代シークエンシング（NGS）プラットフォームでよく知られているシングルエンドシーケンシング技術からmodifyされたペアエンドシーケンシング技術は、ゲノミクスにおいてますます重要な役割を果たしている。 DNA（またはcDNA）断片の2つの鎖の5 '末端を配…
Fossil material 由来などのごく短いDNA断片のハイスループットシーケンスでは、ライブラリーの調製中にインサートにライゲーションされたアダプター配列をシークエンシングする可能性がある[論文より ref.1]。このような汚染はよく知られた問題であり、下流…
2019 5/23 ABRA2追記 indel検出を制限するアラインメントエラーおよびリファレンスバイアスを克服するために、多数のリアライメントおよびアセンブリ方法が提案されている。ショートリードのマイクロアライナーは、局所的に組み立てられたバリアントグラフへ…
アライメントツールはエラーやバラツキを処理するように設計されているが、リファレンスとは大幅に異なるシーケンスリードを確実に正しい場所に割り当てることはできない。アラインメントの信頼性が低いと、バリアントコールの信頼性が低くなり、真のバリア…
2019 7/28 テスト結果追記 2018年２月のNature CommunicationsにシロイヌナズナのゲノムをONTのロングリードを使ってアセンブリした論文（ PCR-free paired-end readsでpolish）が出ている（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5803254/）。ONTの…
次世代シーケンシング（NGS）は何千もの突然変異を検出することができる。しかし、一部のアプリケーションでは、これらのうちのほんのわずかなものが対象のターゲットである。 NGS技術によるがんの個人化された医療検査のようなアプリケーションでは、臨床医…
2019 7/26 追記 生物のDNA配列の正確な決定、すなわち、DNA分子中のヌクレオチドA、C、GおよびTの正確な順序を確立することは、生物学における基本的かつ挑戦的な問題である。本質的にこのプロセスは2つのステップから成っている：（1）ケミカルプロセスによ…
メタゲノミクスシーケンシングは、微生物群集の深い洞察を提供する[論文より ref.1]。メタゲノミクスデータ内の分類学的構造を調べるための重要なステップは、アセンブリされたコンティグをビン（bins）と呼ばれる別個のクラスターに割り当てることである[re…
2019 4/12 dockerリンク追加 2021 3/25 condaインストール追記 BLASTが1990年に初めてpublishされたとき、公開されたアーカイブには5000万塩基以下の塩基配列しか存在しなかった[論文より ref.2]。現在では、1つのシーケンシング機器1回の実行で1兆塩基を超…
2019 6/13 追記 2019 7/18 インストール追記 2020 7/7 コマンド追記、help 更新 2020 7/9 文章追記 以前このブログで紹介したBBtoolsに、Minhashアルゴリズム（リンク）を使ってわずか数秒でゲノムなどの大きな配列を比較し、トップヒットを返してくれる機能…
2019 4/25 誤字修正 2019 7/6 インストール追記 微生物の生態学に関する研究は、微生物の単離と培養が困難であることによるボトルネックを経験することが普通である（論文より Staley＆Konopka、1985）。実験室環境でほとんどの生物を培養することの困難さの…
ほとんどの環境微生物が難培養性であることを考えると、microbial ecologyの分野では、metagenomicsは全コミュニティの機能を調べる手段に由来していた（論文より Handelsman、2004; Kunin et al、2008; Teeling and Glockner、2012）。研究者は、微生物群全…
