macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

PLoS ONE

vFamsのprofileHMMsFromFASTA.pyスクリプト

profileHMMsFromFASTA.pyは、RefSeqのような大規模な(ウイルスの)タンパク質セットからカスタマイズされたプロファイルHMMを構築するスクリプト。 スクリプトの<DESCRIPTION>より(一部改変) このスクリプトは、タンパク質配列を含むFASTAファイルを入力とし、最終的に</description>…

ロングリードのアセンブルとエラー訂正によるコンセンサス配列の生成パイプライン MAECI

ナノポアシーケンスは長いリードを生成し、特にドラフト細菌ゲノムのアセンブリにおいて、次世代シーケンシングと比較してユニークな利点を提供する。しかし、データの特性やアセンブリアルゴリズムに起因するアセンブリエラーが発生することがある。これら…

seqkitに新しく追加されたコマンドを確認する 其の2

2022/03/14追記 これまで数回に分けてseqkitのコマンドを紹介して来ましたが(リンク)、バージョンアップが続いていて、ありがたいことに新しいコマンドも追加されています(谢谢您)。久しぶりに新機能を確認してみます。 この記事を書いたすぐ後にv2.2が…

PhotoModPlus

Genome neighborhood networks(GNN)とGenome neighborhood (GN)ベースの機械学習を用いて光合成タンパク質を予測するためのプラットフォームとして、PhotoModPlusと呼ばれる新しいウェブサーバを紹介する。GNNは、複数の光合成原核生物ゲノムから得られ…

elPrep 5を使ったバリアントコール

GATK Best Practices for variant callingに完全対応したelPrep5 (紹介) には、大きく分けて2つのモードが用意されています。1つ目は完全にRAM内で動作する(フィルタ)モードで、これは中間ファイルを全く書き出さず完全にRAM内で計算を進めるため、非常…

マイクロバイオームと表現型のデータを関連付ける統合データベース解析プラットフォーム MANTA

人体の内部または表面に存在する微生物、特に腸内マイクロバイオームは宿主との相互関係の中で生きている。これらの関係は宿主の代謝に重要な貢献をしており、通常、人間の健康には欠かせないものである。腸管のマイクロバイオータ(腸内マイクロバイオータ…

MOSAIKアライナー

MOSAIKは、第2世代および第3世代のシーケンシング リードをリファレンスゲノムにマッピングするための安定した高感度のオープンソース プログラムである。現在のマッピングツールの中でも特に優れているMOSAIKは、Illumina、Applied Biosystems SOLiD、Roche…

一般的なラボのデータ分析を高速化するshinyアプリケーション FaDA

2022/04/26 追記 RプログラミングShinyパッケージを用いて開発されたWebベースのデータ解析・可視化ツールが研究者に提案されることが増えている。これらのツールは、様々な視点からデータを解析したり、インタラクティブな可視化を提供したりするのに便利で…

Small RNA-Seqのfeatureを定量する mmannot

真核生物のスモールRNA(sRNA)は、長さ200bp未満の、通常は翻訳されていないRNAとして定義されている。これらのRNAは、細胞生活の多くの側面に関与していることが示されている[1, 2]。 一般的には、特定の大きさの範囲、生合成、機能パスウェイによって分類…

(ヒトゲノム)遺伝子の変異プロットを描く Lollipops

2020 4/22 重複した説明を削除 簡潔な可視化は、大量の情報を最小限のスペースで迅速に解釈できるよう提示するために非常に重要である。精密医療における臨床応用は、解釈の時間依存性のため、重要な使用例となっているが、生命科学の分野では可視化の必要性…

vcfをmafに変換する vcf2maf

2020 4/17 画面表示バグ修正, インストール手順修正 vcf2mafはVCFをMutation Annotation Format (MAF)に変換し、各バリアントがすべての可能な遺伝子アイソフォームのうちの1つだけにアノテーションする。VCFをMAFに変換するためには、各バリアントはそれが…

REVIGO

今日のハイスループット実験では、マイクロアレイ、RNA-Seq、またはさまざまなプロテオミクス手法を使用して、数千の遺伝子の発現を同時に測定している。 ChIP-on-chipまたはChIP-Seq実験は、特定のタンパク質のゲノム全体のDNA結合パターンを決定するために…

Trinotateを使ってde novo transcriptome のアセンブリ配列にアノテーションをつける

2020 9/16 pythonのバージョンを指定して導入, configファイルについて追記 2020 9/16 コメント追加, signalPとTMHMM、rnammerの初期設定追加 2020 9/27 わかりにくい表現を修正 Trinotarteは、Trinityののde novoトランスクリプトームアセンブリを機能的に…

elPrep 4

2020, 2021 9/17 追記 elPrep 4はelPrep [ref.1]の大幅に拡張された再実装であり、DNAシーケンシングパイプラインでのバリアントコールのシーケンスアライメント/マップファイル(SAM / BAM)[ref.2]を準備するためのマルチスレッドツールである。パイプライ…

ヒトのガン原遺伝子/腫瘍抑制遺伝子の変異を視覚化するwebツール Mutplot

シーケンシング技術開発はガン研究に革命をもたらした。約20年に及ぶ発展後、次世代シーケンシング(NGS)は速くて手頃な価格になっている。それは精密医療を臨床の現実にした。 NSGは、臨床現場での治療法を個別化し、研究情報を広げるための包括的なビッグ…

ホモログ及びオルソログタンパク質を検索するwebデータベース orthoFind

相同配列を見つけることは、機能転移によるタンパク質の機能的アノテーションを可能にし、これらの配列が共通の進化起源を有するために推論され、そして進化研究の支持としてしばしば使用される[ref.1−3]。ホモログ内では、オルソログは種分化事象から進…

メタゲノムのコンタミ除去やメタゲノムのサンプル間比較を行って結果を視覚化する Recentrifuge

2019 4/21 タイトル追加 2019 4/21 オーサーのJose Manuel Martíさんのコメント追加 2019 4/23 タイトル修正 2019 4/26 誤字修正 2019 dockerリンク追記 219 5/9 パラメータ追記 20206/13 ツイート追記 2020 6/14 condaインストール追記 メタゲノミクスによ…

シーケンシングデータからヒトの病原性細菌かどうかを判定するwebツール PathogenFinder

2019 2/21タイトル修正 2019 2/24 コメント追記 毎年1500万人を超える人が感染症の直接の原因で死亡している。その多くは細菌感染によるものである。毎年推定130万人が結核で死亡し、200万人が百日咳を発症しているが、下痢は250万人以上の死亡の原…

In vitro合成用にゲノムを分割する Genome Partitioner

40年以上前に制限エンドヌクレアーゼが発見されて初めて使用されて以来、DNAを単一および複数のコンストラクトに組み立てる能力が分子生物学を推進してきた[論文より ref.1]。過去10年間で、合成生物学の分野を形作り、ゲノム規模の生物学的オペレーティング…

seqkitに新しく追加されたコマンドを確認する

2019 8/7 誤字修正 seqkitを以前ブログで紹介した時は0..6.0でしたが、1年半近く経ち、2018年12月20日現在ではバージョンが0.9.4まで上がっています。ありがたいことに、bug fixだけでなく、新しいコマンドが複数追加されています。v0.6.1以降に追加された…

インタラクティブなヒートマップを簡単に作成できるwebツール shinyheatmap

ヒートマップソフトウェアは、一般に、静的ヒートマップソフトウェア (static heatmap software) [論文より ref.1-9]とインタラクティブヒートマップソフトウェア (interactive heatmap software) [ref.10-20]の2つのカテゴリに分類することができる。静的ヒ…

Pan-genome解析をwebで実行できる PanWeb

次世代シーケンシング(NGS)プラットフォームは、DNAシーケンシングの大きな進歩をもたらした。これは主に、イールドの向上と精度の向上、およびコストの大幅な削減によるものである[論文より ref.1,2]。 NGS技術のために、オンラインゲノムデータベース(h…

SAMTools互換の高速なsam,bam,cram処理ツール elprep

2019 7/28 コマンド修正 2019 8/3 リンク追加 一般にDNA配列解析はマッピングとそれに続く分析からなる(論文 図1)。マッピング段階では、BWA [論文より ref.1]のようなアライメントツールを介して既知の参照ゲノムにマッピングされる。その後、マッピング…

イルミナのエラーコレクションツール QuorUM

QuorUMはMaSuRCAなどにも組み込まれているエラーコレクションパイプライン。 インストール Github https://github.com/gmarcais/Quorum brewで導入できる( macではエラーになったのでubuntu14.4にlinuxbrewで入れた)。 > quorum --help user$ quorum --help …

GCbiasを考慮したイルミナのシミュレーター ArtificialFastqGenerator

ArtificialFastqGeneratorはカバレッジGCバイアスを考慮可能なNGSリードのシミュレーター。イルミナのペアードエンドfastqに対応している。 比較表 Biostars https://www.biostars.org/p/124126/ ダウンロード javaの実行ファイルがダウンロードできる。 htt…

アセンブリのエラーやギャップ(NNN)を検出し、ポリッシュしたFASTAを出力するPilon

2018 8/31 タイトルと紹介文修正、11/5 タイトル修正 2019 1/11 追記、3/3ラストにnanopore long read追記、4/12 ラストにpacbio long read追記、6/12 リンク追記、6/27 merged.fq追記、7/15 追記、9/29 追記、10/28インストール追記 2021 2/28 関連論文追記…

マイクロサテライトをraw readsから直接探すpalfinder

palfinderはマイクロサテライトやsimple sequence repeats (SSRs)を探すツール。454やilluminaのNGSデータから直接マイクロサテライトを検出し、さらに内部でprimer3を動かし、その増幅プライマーを設計する機能を備える。 インストール 依存 primer3 primer…

コード領域のアミノ酸配列を考えてマルチプルアライメントを行うMUCSE

塩基配列からコード領域のアミノ酸配列を予測してマルチプルアライメントを行う場合、従来はギャップやミスを補正せず全ての配列をアミノ酸に変換してアライメントを行なっていた。しかしこのような一義的に変換する方法だと、シーケンスエラーや擬遺伝子のs…

多機能なNGS分析ツール BBtools 其の1

2018 9/5 bbmerge-auto.sh修正 2019 5/14 BBnormコメント修正、パラメータ修正、ヘルプ追加 2019 6/13 タイトル修正 2019 6/19 其の3追記 2020 1/29 condaインストール追記、メモリ使用量指定 2020 11/6 誤字修正 BBtoolsはアメリカのJGIが提供している多機…

fastqの操作ツール illumina-utils

illumina-utilsはpythonで記述されたilluminaのシーケンスデータのユーティリティツール。オーバーラップしたペアリードのmergeやクオリティフィルタリングを行うことができる。 インストール Github sudo pip install illumina-utils 実行方法 raw fastqのd…