PAV (presence/absence variations)
2024/04/09 追記 ゲノムワイド関連研究（GWAS）は、ヒトの医学やゲノミクスにおいて不可欠なものとなっているが、細菌を対象とした研究はほとんど行われていない。本発表では、パンゲノムの構成要素について、観察された表現形質との関連を、集団の階層性を…
Preprintより 原核生物のゲノム進化は、親から子への遺伝物質の垂直伝達と生物間の水平遺伝子伝達の両方によって引き起こされる（ref.1）。細菌の大規模なシーケンシング研究から、種内ゲノム含有量に大規模な違いが生じることが確認されている（ref.2）。こ…
2020 4/10 引用追加、タイトル修正 2021 1/4 追記 2023/5/30追記 2024/02/26 追記, 09/30 追記 機能研究、進化研究、疫学研究のために比較ゲノムを使用するには、与えられた種での発現の観点から遺伝子ファミリーを分類する方法が必要である。これらの方法は…
原核生物および真核生物のパンゲノムのアクセサリー遺伝子は、遺伝子水平伝播、loss of gene、および選択の影響により蓄積する。 Coinfinderは、パンゲノム内の相同な遺伝子（遺伝子ファミリー）のセットが偶然に予想されるよりも頻繁に相互に関連または解離…
2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 2020 5/12 インストール追記 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオ…
2020 7/29 論文追記 2021 10/18 パラメータ追記 細菌クローン間の遺伝子レパートリーの違いを見つけることは、病原性、抗生物質耐性、および代謝能力などの表現型の違いの遺伝的根拠を理解するために重要である。また、遺伝子の有無に関する情報を含む系統解…
2020 3/19 4/6 スクリプト修正、3/19 4/10 サンプル数が多い時のオプション追記、4/13 追記、5/11 リンク修正、5/25 わかりにくい文章を修正、roaryのランコマンド修正、インストール手順追記、5/27 コメント追加、6/7 ML法のコマンド追加,、proka並列ラン例…
2020 5/24 インストール手順修正、ヘルプ更新 細菌ゲノムは、広範な相同組換え、水平遺伝子導入、遺伝子損失、遺伝子重複などの複雑な進化の歴史によって形作られている。細菌ゲノムの定義されたセット内のすべての遺伝子で構成されるパンゲノムは、系統学的…
遺伝的変異の完全なカタログについては、SNP /indelおよびCNVとともに遺伝的多様性および多様性のソースとして、Presence-Absence Variations（PAV）を含めることが重要である。このノートでは、一対のゲノム比較のための新しいアルゴリズムであるscanPAVを…
