ロングリードシーケンス技術の急速な発展により、個体完全長ゲノムの時代が近づいている。本著者らは、様々な全ゲノムアラインメント（WGA）フォーマットをサポートし、アラインメントの変換、処理、評価、可視化のための実用的なツールを提供する、クロスプ…

古代メタゲノムデータセットのde novoアセンブリは困難な作業である。シークエンシングされた古代DNA分子は、超短断片サイズと特徴的な死後損傷パターンにより、現在のツールでは理想的なアセンブリを行うことができない。CarpeDeamは、古代メタゲノムサンプ…

メタゲノムをデータベースと照合してプロファイリングすることで、アセンブルが不可能な低存在量でも微生物の検出と定量が可能になる。本著者らは、ゼロインフレートポアソンk-mer統計量を用いてゲノム間平均ヌクレオチド同一性（ANI）を推定し、ANIに基づく…

新たに同定されたDNAおよびRNAウイルス配列の数が急速に増加していることから、すべてのウイルス領域をさまざまな分類レベルで正確かつ包括的に分類するシステムの必要性が浮き彫りになっている。VITAPは、アライメントに基づく技術とグラフを統合することに…

2025/08/13 追記 Fastplongは、広く使われているツールfastpをベースにロングリードのFASTQデータ前処理に最適化したfastp。Fastp同様にアダプターを自動的に検出する機能を持ち、従来より高速にロングリードの品質チェックとフィルタリングを行うことができ…

China National GeneBank DataBase (CNGBdb) はマルチオミクスデータの体系的なアーカイブと共有を目的としたデータプラットフォーム。CNGBdbは、CNGBの内部データソースとNCBI、EBI、DDBJなどの外部データソースに基づき、INSDC、DataCite、GA4GH、GGBN、AC…