macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

microbial diversity

未知微生物種も含めてメタゲノムプロファイリングする MetaPhlAn 4

2022/8/26 追記 2022/09/07 インストール修正 メタゲノム解析は、微生物群集から新規生物を発見することを可能にするが、多くのメタゲノムからは、少数の豊富な生物しか捕らえることができない。そこで、メタゲノム解析と単離ゲノムの情報を統合し、より包括…

メタゲノムのOTU解析を行う singleM

Githubより SingleMは、参照配列データベースに過度に依存することなく、ショットガンメタゲノムデータから直接、個別の操作的分類単位(OTU)の存在量を求めるツールである。このツールは、近縁の生物種を区別することができ、その生物種が科学的に新しい系…

メタゲノムデータセットのカバレッジを推定する Nonpareil 3

2021 4/27 誤字修正 2018年のNonpareil3の論文より メタゲノムデータセットに基づく微生物群集の多様性の推定は、不十分な網羅性やリファレンスデータベースに依存する多様性の推定に起因するバイアスの影響を受け、その程度は未知数であることが多い。例え…

メタゲノムの組成を解析する CAMAMED

メタゲノミクスは、分子ゲノミクス、微生物生態学、データ解析が交差する学際的な研究分野である。この分野の主な研究対象は、ある環境に存在する微生物のゲノム総量を指すメタゲノムである。メタゲノミクスは、ハイスループットゲノムシークエンシング技術…

DEICODE

β多様性とは、生物群集間の分類学的または系統的構成の違いを表す生態学的な概念である。β多様性法は、多くのマイクロバイオーム統計解析パイプラインの主要なコンポーネントとなっている。これらの分析により、複雑な微生物群集の概要を把握し、微生物群集…