macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

bacterial annotation

抗生物質耐性遺伝子、インテグロン、トランスポゾンを同定するアノテーションサーバー BacAnt

細菌の全ゲノムシークエンシング(WGS)は診断検査における日常的な手法となっている。WGSの臨床的に最も有用な利点の1つは、細菌配列中の抗菌薬耐性遺伝子(ARG)や移動性遺伝要素(MGE)を予測できることである。これにより、このような遺伝的特徴を包括的…

微生物の機能をGO termの形で予測する DeepGOMeta

微生物サンプルの解析は、その多様性と複雑性のために、依然として計算上困難である。ロバストなde novoタンパク質機能予測法の欠如は、これらのサンプルから機能的洞察を導き出すことの難しさを悪化させている。相同性や配列の類似性に依存する従来の予測手…

遺伝子アノテーションをフィルタリング、解析、変換する gFACs

公開されたゲノムには、オープンリーディングフレーム、開始点、スプライスサイト、および関連する構造的特徴の同定に関連する問題を表す誤った遺伝子モデルが含まれていることが多い。これらの矛盾の原因は、ロングリードのアラインメントと予測された遺伝…

5′上流に保存されたuORFをアノテーションする uORF4u

原核生物および真核生物において、上流のオープンリーディングフレーム(uORF、いわゆるリーダーペプチドをコードすることが多い)は、下流のメインORF(mORF)の翻訳と転写を制御することができる。しかし、新規機能性uORFのアノテーションは、通常100コド…

バクテリアゲノム上のプロファージ検索ウェブサーバー PHASTEST

PHASTEST (PHAge Search Tool with Enhanced Sequence Translation) は、プロファージ検索ウェブサーバーPHASTとPHASTERの後継である。PHASTESTは、細菌ゲノムおよびプラスミド内のプロファージ配列の迅速な同定、アノテーション、視覚化をサポートするよう…

細菌ゲノムの詳細な評価と視覚化を行う Proksee

Proksee (https://proksee.ca) は、細菌ゲノムのアセンブル、アノテーション、解析、可視化のための、強力で使いやすく、機能豊富なシステムをユーザーに提供する。Prokseeは、イルミナのシーケンスリードを、圧縮されたFASTQファイル、または生、FASTA、Gen…

微生物ゲノム中の細胞機能をモデル化してアノテーションを行う MacSyFinder v2

複雑な細胞機能は、通常、微生物ゲノムの1つまたは数個の組織化された遺伝子座の遺伝子セットによってコードされている。Macromolecular System Finder (MacSyFinder) は、これらの特性を利用して、微生物ゲノム中の細胞機能をモデル化し、次にアノテーショ…

DRAMをKBaseサイバーインフラストラクチャーに統合した kb_DRAM

微生物ゲノムのアノテーションとは、DNA配列中の構造的・機能的エレメントを特定し、そのエレメントに生物学的情報を付加するプロセスである。DRAMは、純粋培養やメタゲノムから得られた細菌、古細菌、ウイルスのゲノムをアノテーションするために開発された…

原核生物ゲノムのアセンブリ結果およびアノテーションを改善するためのWebプラットフォーム ReNoteWeb

DNA塩基配列の解読にかかる費用と時間が短縮されたことにより、NCBI(National Center for Biotechnology Information)のような公開データベースへの生物情報の寄託が大幅に増加した。1回の実行で大量のデータが生成されるため、この新しい特徴を持つデータ…

原核生物の遺伝子セットエンリッチメント解析を行うユーザーフレンドリーなウェブサーバー FUNAGE-Pro

近年のハイスループット(メタ)トランスクリプトミクスやプロテオミクスの分野では、単一の遺伝子やタンパク質だけでなく、拡張された生物システムを探索するための簡便で迅速な方法が求められている。遺伝子セットエンリッチメント解析は、遺伝子セット内…

バクテリアゲノムとプラスミド配列のアノテーションを行うBaktaのwebバージョン

以前このブログで細菌ゲノム配列およびプラスミド配列のアノテーションを行うBaktaというツールを紹介しました(リンク)。BaktaはFAIRの原則に従った標準アノテーションを高速に実行でき、アノテーション結果をNCBIやENAに直接登録できる(レポジトリ参照)…

メタゲノムアセンブリやVirSorterで同定されたウイルスコンティグのフルアノテーションを行う DRAM

生物学的エンジンが触媒する特定の反応を解読することは、スケーラブルで代謝的に分解されたアノテーションソフトウェアがないために困難である。ここでは、微生物ベースの膨大なゲノム情報を微生物形質のカタログに変換するためのフレームワークである DRAM…

原核生物ゲノム中の偽遺伝子候補を検出する Pseudofinder

2022/07/09 論文引用 原核生物のゲノムは一般的に遺伝子密度が高く、偽遺伝子(機能していない、あるいは不活性化された遺伝子の残骸)は比較的少ない。しかし、近年の生態系の変化や、共生生物や病原体が経験したような極端な個体数の減少など、特定の状況…

原核生物のゲノムアノテーションを比較する ORForise

モデル生物の過去のゲノムアノテーションに基づいて行われてきたオープンリーディングフレーム(ORF)予測ツールの偏りは、新規ゲノムやメタゲノムの理解に影響を与えている。これは、予測が既存の知識に偏ることになるため、新しいゲノム情報の発見を妨げる…

バクテリアの表現型をゲノムから予測する Traitar

2023/12/07 dockerのコマンド修正 配列決定されたゲノムの数は飛躍的に増加しており、データの生成からゲノムの解釈に至るまでのボトルネックが大きく変化している。形質は、細菌を特徴づけたり区別したりするためによく用いられ、微生物群集組成の原動力と…

バクテリアのゲノムやプラスミドのアノテーションを行う Bakta

2021 5/18 ツイート追加 2021 11/11 論文引用 2022/03/10 help更新2023/10/16 インストール手順修正(python3 => python 3.10) Baktaは、バクテリアのゲノムやプラスミドのローカルなアノテーションを迅速かつ標準化するためのツールである。dbxref-richやs…

細菌の代謝パスウェイを予測し、正確な代謝モデルを再構築するための情報を提供する gapseq

微生物のゲノムスケールの代謝モデルは、生物の遺伝子型から表現型を予測するための強力なフレームワークである。しかし、手動での再構築は手間がかかる一方で、自動再構築では既知の代謝プロセスを再現できないことがよくある。gapseqは、精査された反応デ…

(主に微生物)代謝モデルのデータベース BiGG Models

BMC Bioinformatics. 2010 Apr 29;11:213 COBRA(Constraint Based Reconstruction and Analysis)フレームワークに基づくゲノムスケールの代謝再構成は、生物の代謝能力を解析し、実験データを解釈するための貴重なツールである。このような再構成や解析手…

バクテリアの遺伝子配列を比較する LS-BSR

2021 1/18 わかりにくい説明を修正 細菌単離株からの全ゲノム配列データが安価に入手できるようになるにつれ、配列データと生物学的観察結果を相関させる計算手法が必要とされている。ここでは、数百から数千の細菌ゲノムの遺伝的内容を迅速に比較し、調査し…

微生物ゲノムの包括的なアノテーションを行う MicrobeAnnotator

2020 9/5 修正 2020 9/7 誤字修正、出力追記、 2023/07/04 論文引用 ハイスループットシーケンシングにより、利用可能な単離株、シングルセル、メタゲノムからの微生物ゲノムの数が増加している。これらのゲノムを解析・比較するためには、高速で包括的なア…

ロングリードシークエンシングから環状プラスミドを同定しARGsなどのアノテーションをつける PlasmIdent

多剤耐性菌の感染は、多くの場合、治療の選択肢が限られているか、あるいは全くないままである。細菌種間での遺伝子の水平移動によるプラスミドの移動は、抗生物質耐性遺伝子(ARG)拡大の重要なモードを表している。ここでは、複数の細菌種内および細菌種間…

バクテリアゲノムからプロファージを予測してアノテーションをつける DBSCAN-SWA

2020 8/21 追記と修正 ファージは、細菌宿主ゲノム中のバクテリオファージの細胞内形態として、通常、高い特異性を持って細菌のDNAに組み込まれ、水平遺伝子導入(HGT)に寄与している。ファージを用いて細菌を死滅させ、病原性細菌感染症や耐性細菌感…

注釈付きで検索可能な微生物のインベントリ The Microbe Directory

次世代シークエンシング技術の出現により、ここ10年で、ヒトのマイクロバイオームから環境(水や土壌)、都市の表面に至るまで、メタゲノムやマイクロバイオーム研究が急増している。これらの研究はすべて、発見された配列をサンプルに見られる分類学的プロ…

メタゲノムのビニング後の解析を行う自動化されたパイプライン MetaSanity

2020 5/29 構成を修正、タイトル変更 2020 6/1 コマンド修正 2021 10/5 ツイート追記 マイクロバイオーム研究の重要性はますます一般的になっており、さまざまな生態系(例:海洋、構築、宿主関連など)を理解するために不可欠である。研究者は、微生物ゲノ…

単離バクテリアゲノムのアセンブリ、アノテーション、比較ゲノム解析を行う高度に自動化されたパイプライン ASA3P

2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 2020 5/12 インストール追記 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオ…

計算リソースを効率的に使って多数のよく似たバクテリアゲノムを素早く分析する自動化されたパイプライン Bactopia

2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 2020 12/9 ツイート追加 2021 2/24アップデートされたコマンドに修正 2021 10/7 ツイート追加 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムの…

(断片化した)バクテリアゲノムアセンブリを比較して遺伝子の有無を調べる GenAPI

2020 7/29 論文追記 2021 10/18 パラメータ追記 細菌クローン間の遺伝子レパートリーの違いを見つけることは、病原性、抗生物質耐性、および代謝能力などの表現型の違いの遺伝的根拠を理解するために重要である。また、遺伝子の有無に関する情報を含む系統解…

KEGGのパスウェイアノテーションwebサービス KAAS

2020 2/6 タイトル修正 近年、完全(complete)なゲノムとドラフトゲノムの数は急速に増加しており、これらのゲノムの遺伝子の機能的特性と生物学的役割の特定を自動化することがますます重要になっている。 KEGGデータベースでは、Smith–Watermanスコアを使…

包括的なメタゲノム解析パイプライン MAGO

微生物種はさまざまな環境で重要な役割を果たしているが、メタゲノムデータセットからの高品質のゲノムの生成は、その生態学的および進化のダイナミクスを理解する上で大きな障害となっている。 Metagenome-Assembled Genomes Orchestra(MAGO)は、複数のマ…

微生物ゲノムアセンブリの品質と比較ゲノミクス(correspondence要約)

私(論文のオーサー;hereafter、私)の最近の研究では、低品質の細菌ゲノム配列(ここでは「多くのコンティグを含むゲノム配列アセンブリ、最終的には明らかなミスアセンブリと未解決のプラスミド配列」と定義)を扱ってきた。主要な問題は、ゲノムのクオリ…