differential alternative splicing (DAS)
2023
Bioinformatics
fungi
RNA seq
web tool
Alternative splicing
differential alternative splicing (DAS)
真菌類は、多様な生態的ニッチを持つ真核生物の大規模かつ異質なグループを形成している。真菌の重要性は、真菌のライフスタイルや環境への適応性についての理解が限られていることと対照的である。この10年間で、ハイスループット配列決定技術により、膨大…
web tool
docker
結果の視覚化 (visualization)
sashimi plot
differential alternative splicing (DAS)
splicing variant
RNA seq
Hi-C
クロマチンの発現、タンパク質-DNA/RNA相互作用、アクセス性、構造などが条件や細胞種によってどのように異なるかを同時に可視化することにより、オルタナティブスプライシングの制御機構や機能的影響について理解を深めることができる。しかし、既存のSashi…
RNA seq
Genes
2020
GEO
differential exon usage (DEU)
differential alternative splicing (DAS)
differential transposable element expression (DTE)
allele-specific gene expression (ASE)
GO enrichment analysis
KEGG pathway
GSEA
過去10年間で、大量のRNAシーケンス(RNA-seq)データが公開リポジトリに寄託され、さらに前例のない速度で生産されている。しかし、汎用性が高く、RNA-seqデータセットの包括的な解析を合理的に行うことができる、ポイント&クリックのインターフェースを持…