isoform
RNAシーケンスは遺伝子アイソフォームの定量に広く応用されているが、複雑な遺伝子のアイソフォームを正確に定量するには、特にショートリードでは限界がある。ここでは、ショートリードでは正確な定量が困難な遺伝子を同定し、これらの領域の定量にロングリ…
2024/02/27 追記 信頼できるリファレンスゲノムを持たない生物種のRNAシーケンスデータからのトランスクリプトームアセンブリはde novoで行う必要があるが、de novo methodでは転写産物のアイソフォームを再構築する能力が不十分であることが多いことが研究…
2019
Genome Biology
RNAseqの定量
RNA seq
isoform
assembly
Pacbio
Nanopore long read
de novo transcriptome
Reference-assisted assembly
GTF
2022
PLOS Computational Biology
hybrid assembly
Evidence-driven gene prediction
2020 7/1 インストール方法追記, コマンド追記 2020 7/2 タイトル修正 2020 7/27 merge追記 2022/06/09 論文引用 2022/12/10, 12/28追記 2023/01/21 レポジトリURL修正 RNAシーケンス（RNAシーケンス）データセット内の転写産物の量を測定することは、細胞の…
2018
Bioinformatics
RNA seq
Hybrid-Seq
de novo transcriptome
isoform
Nanopore long read
Pacbio
assembly
docker
2020 5/3 docker imagesアップ 新世代のシークエンシング技術がトランスクリプトームの探索において実質的な進歩をもたらすにつれて、スプライス検出および転写物再構成などの関連するバイオインフォマティクス方法が数多く開発され、様々な種で広く使用され…
