macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

初心者向け

RNA-Seqの正規化手法を比較し、発現変動遺伝子の解析まで行う NormSeq

2023 5/30 タイトル修正 RNAシーケンスは、様々なRNAサブポピュレーションの発現に関する知識を得るために最も使用されるハイスループットなアプローチの1つとなっている。しかし、ライブラリー調製時やデータ解析時に発生する技術的なアーチファクトが、検…

オックスフォードナノポアのシーケンスデータの解析のための統合サーバー NanoForms

次世代シーケンス(NGS)技術は、今日の遺伝学およびゲノミクス研究の展望を支配している。イルミナは依然として世界のシーケンサーを支配しているが、オックスフォード・ナノポアは、現在、生物学者、医学者、遺伝学者がさまざまな用途で使用している主要技…

(ヒトとマウス) RNA-seqデータの探索と可視化のためのブラウザベースのツール BEAVR

分子生物学研究や臨床現場におけるRNA-sequencing(RNA-seq)の利用は、過去10年間で大幅に増加している。しかし、広く普及しているにもかかわらず、RNA-seqデータを解析・探索するためのシンプルでインタラクティブなツールが不足している。既存のツールの…

rDNA配列を解析するためのユーザーフレンドリーなバイオインフォマティクスパイプライン gDAT

複数の生物を並行して行うハイスループットシーケンス(HTS)(メタバーコーディング)は、環境サンプル中の微生物群集を分析するための日常的で費用対効果の高い方法となっている。しかし、HTSデータの潜在的なエラーを特定するためには、慎重なデータ処理…

Minicondaの代わりにMiniforgeインストーラーを使ってcondaの環境を作る

2021 5/8 タイトル修正 Conda-forgeのMiniforgeレポジトリには、conda-forge に特化した Conda の最小インストーラーが用意されています。Miniforgeレポジトリは Miniconda と同等ですが、Conda-forge がデフォルトのチャンネルとして設定されています。また…

docker環境にツールを導入していくためのベースイメージを作る。

Dockerイメージ作成時のベースイメージを作って、それをpullするようにすると捗ります。試してみます。 ここではcondaコマンドを使えるようにminiocndaを導入するイメージを作成します。それからこのイメージをベースに新しいイメージを作成します。 1:ベ…

原核生物の遺伝子配列をGenBankファイルから簡単に検索するためのウェブツール BAGET 2.0

細菌ゲノムや古細菌ゲノムの完全シークエンスから単一の遺伝子配列とコンテキストを検索することは、ウェットベンチ生物学者にとっては気が遠くなるような作業である。既存のウェブベースのゲノムブラウザは、日常的に使用するには複雑すぎるか、原核生物ゲ…

IGVのtips その2

2021 2/17 tips追記 IGVをより便利に使う方法はないでしょうかという質問があったので、今日は自分が知っているIGVのtipsをいくつか紹介します。 IGVの公式動画チャンネルがあります。 統合TVでもIGVの基本的な使い方について分かりやすく説明されています …

condaの代わりに高速なmambaを使う

2021 2/11 誤りを修正 2021 4/26 Rについて追記 2021 4/30 tips追記 2022 2/7 再インストール追記 Githubより Mamba は C++ での conda パッケージマネージャの再実装です。マルチスレッドを使ったリポジトリデータとパッケージファイルの並列ダウンロード、…

配列比較結果を視覚化する

2020 11/2 誤字修正 先日紹介したneedleallやvsearchによるall versus allの配列比較のテキスト出力をもとに、ヒートマップで視覚化する。ここではggplot2パッケージを使う。 EMBOSS needleallによるall versus allの配列比較 1、配列の準備 all versus all…

一般的なラボのデータ分析を高速化するshinyアプリケーション FaDA

2022/04/26 追記 RプログラミングShinyパッケージを用いて開発されたWebベースのデータ解析・可視化ツールが研究者に提案されることが増えている。これらのツールは、様々な視点からデータを解析したり、インタラクティブな可視化を提供したりするのに便利で…

publication readyなggplot2 プロット出力を行う ggpubr

2020 8/9 誤字修正 2020 10/5 説明追加 2021 8/9 追記 ggplot2' パッケージは R でのエレガントなデータ可視化のための優れた柔軟性を持っているが、デフォルトで生成されるプロットは、出版前にいくつかのformatingを必要とする。さらに、'ggplot'をカスタ…

インタラクティブなオンラインの系統樹ツール Interactive Tree Of Life (iTOL) v4

2020 7/2 誤字修正 2021 4/27 v5の論文リンク追加 2022 8/27追記 系統樹は、生物学やその他の科学分野において重要なツールであり、様々なデータタイプのコンテキスト化としても機能している。このことは、このような系統樹を作成するためのツールが頻繁に使…

Jupiter notebookの使い方其の4 まとめ

2020 5/11 誤字修正 2020 10/9 リンク追加 2020 11/8 論文リンク追加 3回にわたってjupyter notebookの簡単な使い方を説明してきました。 これまでの説明でjupyter notebookはどうやって使うのか、ある程度は伝えられたかと思います。ここで改めてJupiter no…

Jupiter notebookの使い方其の3(数式とマジックコマンドについて)

更新中 第3回の今回は、数式の表示とマジックコマンドについてです(第2回)。Jupyter Notebookに含まれるMarkdownパーサーはJSのMathJaxライブラリ(wiki)に対応しており、LaTex( ラテック、ラテフ)で書いた数式をノートブック上にレンダリングして表示…

Jupiter notebookの使い方其の2(Markdown記法について)

2020 5/4 誤字修正 2020 5/5 リンク追加, 構成変更 Jupiter notebookの使い方を解説する記事の第2弾です(第一回はこちら)。今回はJupiter notebookがサポートしているMarkdown記法について説明します。Markdownはプレーンテキストの文書からマークアップ…

初めてコマンドを使う人向けの解説:その3、Jupiter notebookの使い方 - 其の1

2020 5/2文章修正 2020 5/3 誤字修正 2020 5/4タイトル修正 2020 5/5 文章修正 2020 5/7 導入部分の文章と構成を変更 初心者向け解説記事第3弾の今回は、急速に普及が進んでいるjupyter notebookの導入と基礎的な使い方について説明します。Jupiter noteboo…

シーケンシング技術と解析フローチャートを学ぶためのナリッジベース SequencEnG

次世代シークエンシング(NGS)技術は、ゲノムおよびエピゲノムプロファイルを生成するための強力な方法を提供することで、生物医学研究に革命をもたらしている。この急速な進歩により、学生や研究者にとって、利用可能な数多くの方法を熟知しておくことが喫…

全工程が自動化された高速なRNA seq解析webサービス RaNA-Seq(60以上のモデル生物に対応)

2020 4/10 タイトル修正、説明と図追加 RaNA-Seqは、RNA-Seqデータを迅速に解析・可視化するためのクラウドプラットフォームである。FASTQファイルの定量、品質管理指標の計算、発現変動遺伝子の解析の実行、機能解析による結果の説明を可能にすることで、数…

データをドラッグアンドドロップして素早く作図とデータ分析ができるGUIツール BioVinci

3/330 誤字修正、図を追記 2020 3/31 追記 2020 5/4 v2.0リリース追記 2020 5/12 統合TVのリンク追加 BioVinciのabout usより BioTuringは、若くてモチベーションが高いバイオインフォマティシャンで構成されたチームで、次世代のバイオインフォマティクス…

Bandageを使ってアセンブリグラフからターゲットの配列を選抜する

2020 3/12 写真差し替え、誤字修正、タイトル修正 De novoアセンブルして得たcontig配列から特定の配列を選抜するにはどうすれば良いだろうか?全ゲノムのショットガンシーケンシングを行なっていても、目的の配列はそのサブセットでしかないことは頻繁にあ…

rocker projectのrstudioコンテナを使う

2020 5/12 説明追加 2020 10/1 リンク追加 ライブラリによって要求するRのバージョンが異なり、新しいツールをテストできないことがある。そのような場合、 r-baseのバージョン管理されたdockerイメージを使うと、その場限りの仮想環境にツールをインストー…

DNA解析ソフト4 次世代シークエンシングデータも扱える Unipro UGENE その1

2020 1/6 タイトル修正 2020 3/2 わかりにくい説明を修正 明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願い致します。 2020年初回はDNA解析ソフトUGENEを紹介します。発表はかなり前ですが、今でもアップデートが続いており、塩基配列の編集のみならず…

ノンスペシャリストのための堅牢なphylogenetic analysis webサービス Phylogeny.fr

系統解析は、生物学の多くの研究分野の中心であり、通常、相同な配列の同定、それらのマルチプルアライメント、系統樹再構築、および推定されたツリーのグラフィカルな表現を伴う。 Phylogeny.frプラットフォームは、これらのタスクを自動的に実行するプログ…

ノンスペシャリストのための系統解析webサービス NGPhylogeny.fr

系統樹の推論と解釈は、広範囲の生物学的領域(比較ゲノミクス、機能予測、メタゲノミクス、種同定、分類学、分子疫学、集団遺伝学など)を対象とする多数の研究で必要となる。Phylogeny.fr(ref.1)はもともと、次の手順に基づいてワークフローを実装するこ…

(初心者向け)mauveを使ってバクテリアゲノムを比較する

よく似たゲノム同士を直接比較して、変異がある遺伝子を検出したいことがあります。ここでは、コマンドラインのツールや商用ツールに頼らず、GUIで動作するツールを使ってゲノム比較する手順を書いてみます。 1、ソフトのインストール 前にも紹介しましたが…

初めてコマンドを使う人向けの解説:その2、ツールをインストールする環境の構築 (mac対象)

2019 10/16 誤字とおかしな文章を修正 2019 10/17,10/18,10/20同上 2019 10/19 次回について追記 2020 4/9 macの写真を更新 2020 4/29動画リンク追記 2020 5/12 anaconda3.8 ダウンロードリンク追記 2020 7/26 仮想環境追記 昨日ツイートしていた通り、次世…

ゲノムや特定の領域の配列比較結果をシンテニーブロックで視覚化する Easyfig

比較ゲノミクスには、特にシンテニー領域の挿入、欠失、および変異の特定のための、シーケンシングされたゲノムの比較が含まれる。複数のゲノムの特定の領域間のアライメントを視覚化することは、株や種の間の表現型の変化の根底にある遺伝子型の違いを識別…

初めてコマンドを使う人向けの解説:その1、指定した領域から配列を抽出する

2019 9/20追記 ゲノムのダウンロード この記事では、初めてコマンドで動作するツールを使う方向けにゲノムの指定した領域から配列を抽出する方法について説明します。コンピュータはmacを想定しています。普通はpython3やanacondaを入れ、condaのコマンドを…

バイオインフォマティクスのツールを再現性よく実行するためのコンテナ仮想化ツール群 BioContainers

2018 10/2 誤字修正 2018 11/4 追記 2019 6/2 リンク追加 2020 4/7 補足説明追加 2020 11/4 ツイート追加 2021 6/13 コマンド追加 バイオインフォマティクスは、新しいアルゴリズムの開発、複雑なパイプラインへの様々なツールの接続(Perez-Riverol et al、…