macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-04-01から1ヶ月間の記事一覧

BLAST2GOでアノテーションをつける

basic版をここからダウンロード。インストールが終わったら立ち上げる。 統合TVの説明を参考にした。 BLAST2GOを起動したら、上のメニューからSTART -> Load Sequences -> Broseを選択し読み込むFASTAファイルを選択 -> Openボタンで読み込み。 基本的に左の…

Waifuで拡大時の画質劣化を抑える

sudo apt update sudo apt install cmake git libgtk2.0-dev pkg-config libavcodec-dev libavformat-dev libswscale-dev sudo apt install python-dev python-numpy libtbb2 libtbb-dev libjpeg-dev libpng-dev libtiff-dev libjasper-dev libdc1394-22-dev…

CLC genomics workbench (7.0)でRNA seq解析

CLCで行う前提でワークフローを書いてみる。 アダプター配列の確認 アダプター配列はシーケンス->画像からのシグナル取得 -> ベースコールファイル(.bcl) -> FASTQ変換の過程で自動除去されるようだが、インサートが短いペアリードファイルなどでは3'側にア…

chainer-goghで画風を取り入れる

怒涛の勢いで機械学習ツールが発表されてきている。知識が化石化しないようにするには、手を動かしてやってみるのが一番なので、いくつか有名ツールの実行環境を構築してテストしてみた。 画風を変換するアルゴリズム | Preferred Research これを入れて動か…

ubuntuのインストール

機械学習系を利用した様々な手法が公開されているが、以下のツールが興味を引いた。 gigazine.net 写真のピクセルは変化させず色合いを大きく変えることができるみたい。従来のphoshop系の手法でもできるには違いないけど、フィルターをかけたり選択範囲を手…