macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

dot plot

複数リファレンスゲノムを用いたコンティグのスキャフォールディングを行うサーバ Multi-CSAR

Multi-CSAR は、ターゲットゲノムのアセンブリにおいて、複数のリファレンスゲノムに基づくより大きなスキャフォールドにコンティグを効率的かつ正確に順序付け、方向付けることができるウェブサーバである。Multi-CSAR は、ターゲットゲノムと複数のリファ…

JBrowse 2 desktopのマッピングファイル表示機能を試す

JBrowse 2 desktopはシークエンシングデータのマッピングファイルの読み込みに対応しており、リファレンスゲノムに沿ったリードのアラインメントを表示することができる。 読み込み可能なデータ。ファイルの種類によってはインデックスも必要。 Tabixed VCF …

JBrowseゲノムブラウザのデスクトップアプリケーション JBrowse 2 desktop

2022/05/21 ツイート追記 HPより JBrowseは、JavaScriptとHTML5で作られた高速でフル機能のゲノムブラウザです。Webサイトやアプリに簡単に組み込むことができますが、スタンドアロンのWebページとして提供することも可能です。 version1との機能比較表。 HP…

真核生物の比較ゲノミクスのためのゲノムブラウザ Genomicus

Genomicusは、真核生物の比較ゲノミクスに特化したデータベースおよびウェブサーバである。Genomicusの主な機能は、複数のゲノム間でのゲノムブロックの保存状態をグラフィカルに表現することであり、特定の遺伝子を中心とした局所的な保存状態や、核型比較…

大量のタンデムリピート構造を含むゲノムをインタラクティブに可視化する StainedGlass

2022/01/13 論文引用 ドットプロット解析は、配列の同一性や方向性の違いのような複雑なリピートの基礎構造を明らかにするためによく用いられる。ロングリードシーケンス技術の進歩により、最近ではますます連続したリファレンスゲノムのアセンブリやヒトの…

HTSデータを扱う様々なツールをGUIインターフェースで統合した TBtools

ハイスループットシーケンス(HTS)データからの情報マイニング用にさまざまなソフトウェアまたはパイプラインが開発されているが、それらのほとんどは、ほとんどの生物学者が馴染みのないプログラミングおよびコマンドライン環境に依存している。 ユーザー…

曖昧さを考慮したドットプロットによる視覚的な配列解析を行う FlexiDot

FlexiDotはクロスプラットフォームのドットプロットスイートで、高品質の自己、ペアワイズ、all versus allのビジュアライゼーションを生成する。コンセンサス配列とエラーの多い配列を比較する際のドットプロットの適合性を向上させるために、FlexiDotは曖…

ゲノムを比較してドットプロット図を出力する Dotplot

Githubより ドットプロットとは、主に生物学で使用される、配列の類似性をグラフィカルに視覚化するためのプロットである。Dotplotを作成しようとするプログラムはすでにたくさんあるが、残念なことに、これらのプログラムのほとんどはずっと前に作られたも…

ドットプロット図を出力する Flexible Dot Plot

2020 6/3 文章修正 ドットプロットは、異なるサイズと色のドットを用いて2つの定量情報を同時に表示するコンパクトな方法を提供するヒートマップのようなチャートである。この可視化方法は、特にシングルセルRNA-seq研究で人気があるにもかかわらず、ドット…

インタラクティブなdot plotビューア dot

ゲノムとゲノムのアライメントを視覚化する方法の1つに、両方のゲノムのアライメントの概要を提供するドットプロットがある。一般的なゲノムブラウザ(IGVやUCSCゲノムブラウザなど)が1つの次元でゲノムデータをプロットするのとは異なり、ドットプロット…

UGENE その2

今回は、1回目で説明できなかった機能について説明する。 一旦入力した配列は直接編集できないようになっている。編集するには左端のeditボタンをクリックする。 選択した配列を消したり、追加できるようになっている。 編集が終わったらもう一度editボタン…

Reference-assisted assemblyのツール: CSARをwebで使える CSAR-web

DNAシーケンシング技術の継続的な進歩により、適度なコストでますます多くのゲノムが迅速にシーケンシングできるようになっている(論文より ref.1)。しかしながら、現在のDNAシーケンシングプラットフォームから生成された膨大な数のリードのアセンブリに…

ラージゲノムにも対応したdot plot解析ツール D-GENIES

ドットプロットは、2組のシーケンスを視覚的に比較するために一般的に使用される。それらは挿入、欠失、逆位またはリピートを容易に理解できる方法で提示する。可変の線の太さ、線の形または色を使用して類似点の差異を表すことができる。産生されるゲノムア…

ゲノムのドットプロット解析を行うツール Dot

ゲノムをMUMmerのnucmerコマンドで相互にアライメントさせた後、ドットプロット(wiki)形式で視覚化するためのツール。 本体 Github(python3.6) https://github.com/dnanexus/dot また、このリポジトリをcloneし、Webブラウザでindex.htmlファイルを開く…

MinHashを利用した長い配列(ゲノムやロングリード)のアライナー MashMap

2018 タイトル修正 2019 6/21 インストール追記、論文追記 2020 10/19 help更新、文章修正 ハイスループットDNAシーケンサーによって生成されたリードをリファレンスゲノムにマッピングすることは、根本的かつ広く研究されている課題である[Preprintより ref…

構造変化のリードアライメント状況やゲノム比較結果を可視化する Ribbon

2020 8/9 論文追記 Visualizationは、現在のゲノム革命において、バリアント、発現パターン、進化による変化、および他の多くの関係を検査し、理解するために非常に重要な役割を果たす(Preprint ref.1~3)。しかし、構造変化可視化時のリードとリファレンス…

ゲノムを比較する MUMmer

2018 9/1-9/6 アライメントワークフロー 2018 11/25 誤字修正 2019 6/9 show-tiling help追加 2019 6/12 dot plot表追加 2019 8/5 インストール追記 2019 11/12 bioconda link追加 MUMmer3 シーケンスアライメントパッケージ[mummer4論文より ref.1]の2004年…

倍数体のfractionation biasを視覚化する FractBias

全ゲノム重複(WGD)などの倍数性事象は、単一の生物体内に2つ以上のゲノムコピーを作成する。重複(サブゲノム)に由来するホモロガスな染色体の全セットは、遺伝子が相同染色体の1つからlossするfractionationと呼ばれる過程で遺伝子欠損を受ける(Langham…

アセンブル結果をリファレンスと比較して構造変異などを可視化するAssemblytics

デノボゲノムアセンブリは、ロングリードシーケンシングおよびマッピングの進歩により、大きなゲノム上でますます扱いやすくなってきており、生物の系統樹全体にわたるより高品質でより数の多いリファレンスがもたらされている(Lee et al、2014; Roberts et…