macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

インフォマティクス解析をサポートするツール

遺伝子名の識別を支援するウェブアプリケーション GeneToList

オミックス技術を臨床医学やトランスレーショナル・メディシンに取り入れる動きが加速する中、これらの手法によって生成される大規模かつ複雑なデータセットを利用するエンドユーザーには課題がある。ゲノミクスにおける特別な課題は、遺伝子の命名法が大規…

バリアントを考慮したリファレンスアラインメントの高速リフトオーバーを行う levioSAM2

テロメア単位の完全なゲノムアセンブリは、解析の向上や新しいバリアントの発見を期待できるが、多くの重要なゲノムリソースは古いリファレンスゲノムと関連したままである。そのため、リファレンスゲノム間のゲノムフイーチャーやリードアラインメントをト…

生物学的配列の可視化のためにアップグレードされたイラストレーター IBS 2.0

分子生物学や細胞生物学の分野において、様々な機能要素を持つ生体配列を可視化することは、科学的成果を発表する上で基本的なことである。しかし、現在使用されているアプリケーションの限界により、生物学的な模式図の作成にはまだかなりの課題が残ってい…

シロイヌナズナの生物学的特徴を調べるFINderデータベース

近年の計算機アプローチや実験ワークフローの進歩により、ゲノムワイドな生物学的・ゲノムデータを比較的容易に、かつ一般的に取得することができるようになった。このハイスループット・データは、数百種類の植物のDNA(配列、メチル化、クロマチンアクセシ…

condaレシピの自動生成ツール Grayskull

Githubより Grayskull はcondaレシピの自動生成ツールです。このプロジェクトの主な目的は、conda-forge 用の簡潔なレシピを生成することです。Grayskull プロジェクトは、最終的に conda スケルトンを置き換えることを意図して作られました。現在、Grayskul…

M1 macにバイオインフォマティクスのツールをインストールする

2022/03/20 文章修正 2022/03/24アンケート結果追記 ご存じの通り、新しいmacはCPUがARMアーキテクチャに移行し、x86-64 darwin向けにコンパイルされたプログラムが実行できなくなりました(まだ販売されているintel macもありますが、選択肢は少なくなって…

科学イラストのオープンソースアイコンライブラリBioicons

レポジトリより Bioiconsは、InkscapeやAdobe Illustratorなどのベクターグラフィックソフトウェアを使った科学的なイラストのためのオープンソースアイコンライブラリで、無料で利用できます。 ベクターグラフィックソフトウェアでは、アイコンをダブルクリ…

生命科学実験の検索・提案のためのウェブアプリケーション LEXAS

2021 12/11 誤字修正 細胞生物学では,研究者は関連する論文を読み,記述されている実験や結果を検討することでウェットな実験を計画する。今日、研究者は実験を計画するために長い時間をかけて文献を調査している。 実験計画を加速するために、本著者らはLE…

コンティグごとにユニークなk-merを取り出す UniqueKMER

UniqueKMERはfastaファイルのコンティグごとにユニークなk-merを生成する。ユニークなk-merは、あるコンティグにのみ存在し、他のコンティグには存在しないk-merキーで構成されている(順鎖、逆鎖の両方)。本ツールは、多数のコンティグで構成されたFASTAフ…

ユーザー指定のリストから系統樹を生成するwebサービス phyloT

Helpより phyloTは、NCBI taxonomyまたはGenome Taxonomy Database(GTDb)に基づいて、系統樹を自動的に生成する。NCBI taxonomyは、様々なソースからの系統学的および分類学的知識を取り入れることを試みており、NCBIをソースとして使用しているphyloTが生…

(prototype)gzipで圧縮された大きなファイルを並列解凍する pugz

gzip プログラムで作成したファイルを任意の場所で解凍することは、 DEFLATE 圧縮アルゴリズム(wiki)の性質上、原理的に不可能である。そのため、既存のプログラムでは、並列性を利用してgzipで圧縮された大きなファイルを高速に解凍することができない。…

Webサービスの可用性を監視するためのWebサービス Aviator

オンラインツールの監視を容易にするウェブサービスとリポジトリAviatorを紹介する。Aviatorは、ユーザーフレンドリーなWebサイトと、文献調査をベースにした一般的なモジュールと、手動で精査したモジュールの2つのモジュールで構成されている。一般モジュ…

一般的なラボのデータ分析を高速化するshinyアプリケーション FaDA

2022/04/26 追記 RプログラミングShinyパッケージを用いて開発されたWebベースのデータ解析・可視化ツールが研究者に提案されることが増えている。これらのツールは、様々な視点からデータを解析したり、インタラクティブな可視化を提供したりするのに便利で…

CyVerseとIGBを接続するWebアプリケーション BioViz Connect

ゲノミクスの大規模データセットを利用するために、生物学者はデータの保存、処理、分析、アノテーション、可視化のための計算システムを必要としている。CyVerseのようなクラウドベースのサイエンスゲートウェイは、ストレージと解析ツールを提供するが、可…

グラフィカルなリソース監視ツール Netdata

2020 5/8 説明追加 Netdata は、システムやアプリケーションのパフォーマンスをリアルタイムで監視する監視エージェントである。Netdata を使うと、非常にインタラクティブな Web ダッシュボードを使用して、実行中のシステム (Web サーバ、データベース、ア…

Jupiter notebookの使い方其の2(Markdown記法について)

2020 5/4 誤字修正 2020 5/5 リンク追加, 構成変更 Jupiter notebookの使い方を解説する記事の第2弾です(第一回はこちら)。今回はJupiter notebookがサポートしているMarkdown記法について説明します。Markdownはプレーンテキストの文書からマークアップ…

初めてコマンドを使う人向けの解説:その3、Jupiter notebookの使い方 - 其の1

2020 5/2文章修正 2020 5/3 誤字修正 2020 5/4タイトル修正 2020 5/5 文章修正 2020 5/7 導入部分の文章と構成を変更 初心者向け解説記事第3弾の今回は、急速に普及が進んでいるjupyter notebookの導入と基礎的な使い方について説明します。Jupiter noteboo…

シーケンシング技術と解析フローチャートを学ぶためのナリッジベース SequencEnG

次世代シークエンシング(NGS)技術は、ゲノムおよびエピゲノムプロファイルを生成するための強力な方法を提供することで、生物医学研究に革命をもたらしている。この急速な進歩により、学生や研究者にとって、利用可能な数多くの方法を熟知しておくことが喫…

データをドラッグアンドドロップして素早く作図とデータ分析ができるGUIツール BioVinci

3/330 誤字修正、図を追記 2020 3/31 追記 2020 5/4 v2.0リリース追記 2020 5/12 統合TVのリンク追加 BioVinciのabout usより BioTuringは、若くてモチベーションが高いバイオインフォマティシャンで構成されたチームで、次世代のバイオインフォマティクス…

ベストマッチするリファレンスゲノムを探す ReferenceSeeker

2020 3/8 コメント削除、タイトル修正 公共データベースで利用可能な微生物ゲノムの数は増え続けており、多くのin-silico分析、例えば 一塩基多型の検出、scaffolding、比較ゲノミクス、に必要なリファレンスゲノムの最適な選択がますます困難になってきてい…

scientific dataのインタラクティブな視覚化ツール BPG interactive visualization of scientific data

生物学的実験はますます大きく、多面的なデータセットを生み出している。そのようなデータを探索して観察結果を伝達することはますます困難になっており、堅牢な科学的データ視覚化の必要性は加速している[ref.1、2、3、4]。特にWebベースのインタフェースや…

ローカルBLASTをGUI環境で実行できる Sequenceserver

2020 1/25 タイトル修正、統合TVリンク追加 シーケンシングコストの劇的な低下により、個人や研究者グループが以前に研究されていない生物からゲノムまたはトランスクリプトーム配列を生成する多くの機会が生まれている。多くの研究の疑問には、小規模または…

biological sequences専用のイラストレーター IBS

簡潔で、繊細で正確な画像は、説明だけよりも大きな利点がある。さまざまな機能要素を備えた生物学的シーケンスのグラフィカルな表現は、分子生物学的機能の調査の過程で得られた科学的発見の効率的な導入と解釈のための基本である。現在、生物学者は主にMic…

Genomic featureの座標を変更する UCSC liftOver

ヒトの場合は代表的なリファレンスゲノムもいまだ不完全であり、更新が繰り返されている。また、ゲノムがFinishしているスモールゲノムでも、株や系統の違いによる座標の違いがあり、研究によってはリファレンスゲノムを更新し、coding reginやexonなどのgen…

blast結果を視覚化する BlastViewer

BlastViewerは、NCBI BLASTソフトウェアの結果をグラフィカルに表示することを目的として開発されたツールである。詳細はGIhutbとwiki参照。 wiki Home · pgdurand/BlastViewer Wiki · GitHub インストール windows10 proとubuntu16.0.4でテストした(いずれ…

SRAのRNA seqデータを素早く比較・分析する Digital expression explorer 2(手持ちのデータにも対応)

2021 1/9 ツイート追記 10年前の最初の記述以来、RNAシーケンス(RNA-seq)はトランスクリプトームにおける強力な方法となり、非常に正確な遺伝子発現の定量を可能にした[ref.1]。シークエンシングのコストが下がるにつれて、RNA seqのデータは科学文献でよ…

教育にも利用できる、何百ものバイオインフォマティクスツールが入った包括的コンテナ環境 ORCA

2019 4/25 誤字修正 効果的なバイオインフォマティクス分析のための適切なプラットフォームを設定することは困難な場合がある。標準のソフトウェアパッケージをインストールするために必要な依存関係とバージョン要件を決定することは、分析を始める前の障壁…

SRA Toolkitのfasta-dumpを高速化した fasterq-dump

2019 4/29 複数ファイルダウンロード例 2019 8/13 ダウンロード例のコード修正 2019 12/18 インストールエラー修正 2019 12/21 実行例追記 2020 1/21 ダウンロード例のコード修正 2020 4/1 リンク追加 タイトルの通りのコマンド。 使い方だけ簡単に紹介しま…

コンソールでbamのカバレッジを素早く確認できる bamcov

bamcovは、Florian Breitwieserさん(Github)が公開されている、bamのカバレッジを計算してコンソール上で表示するユーティリティ。 インストール macps10.14でテストした。 Github git clone --recurse-submodules https://github.com/fbreitwieser/bamcov…

データを可視化するwebツール PlotsOfData

2019 4/11 twitterリンク追記 2020 3/2 関連リンク追加 近年、いくつかのグループが、データの要約ではなく実際のデータをグラフで表示することを提唱している[ref.1-4]。生データは、ヒストグラムやドットプロットなど、さまざまな方法で視覚化できる。デー…