barcode / index
ドイツ・バーコード・オブ・ライフ・キャンペーンの一環として、3500以上のクモ形類標本が収集され、分析された。これはドイツで記録されているクモ相の約60%、ハルクモ相の70%以上に相当する。圧倒的多数の種がDNAバーコーディングによって容易に同定でき…
fgbioはディープシーケンシングデータを扱うためのコマンドラインツールキット。リードレベルのデータ(FASTQ、SAM、BAMなど)やバリアントレベルのデータ(VCF、BCFなど)を操作する。特に次のようなものを提供することに重点を置いている(Githubより)。 …
第3世代のシーケンサー技術により、ゲノムシークエンシングとアセンブルに革命が起こり、その速度はますます速くなっている。現在のシーケンシング戦略の1つは、PacBio Sequel II装置での高コンセンサス精度サーキュラーコンセンサスシーケンス(CCS)に由来…
異物混入スクリーニングの目的は、人為的な理由または生物学的な理由で存在する可能性のある汚染配列を特定することである。人為的な理由としては、クローニング人工配列(ベクター、リンカー/アダプター/プライマー、大腸菌宿主DNA)、ヒトのDNA配列による…
次世代シークエンシング(NGS)に基づくクロスサンプル比較や大規模メタアナリシスでは、リード中の汚染アダプターフラグメントの除去(すなわちアダプタートリミング)を含む、複製可能で普遍的なデータの前処理が必要となる。最新のアダプタートリマーは、…
Multiplexing(バーコード)は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…
2019 5/23 tweet追記、9/26 動画追加、11/30 ツイート追記、12/22 統合TVリンク追加 2020 2/2 8章補足資料リンク追加、12/15 ツイート追加 2024/04/04 論文追加引用, 10/02内容を整頓 RNAシークエンシング(RNA-Seq)[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための…
ハイスループットシーケンス解析プラットフォームの能力の使用を最大限にするため、いくつかのサンプルを一緒にプールすることが一般的である。たとえば、現時点では、Illumina HiSeqX1回の実行で1つのレーンから数億回シーケンシングでき、新しいNovaSeqは1…
Fossil material 由来などのごく短いDNA断片のハイスループットシーケンスでは、ライブラリーの調製中にインサートにライゲーションされたアダプター配列をシークエンシングする可能性がある[論文より ref.1]。このような汚染はよく知られた問題であり、下流…
sabreはバーコードをdemulitiplexするツール。バーコードを除いたあと、バーコードに従って分割する。バーコードがないリードは別ファイルにまとめて出力される。gzip入力もサポートしている。 インストール Github https://github.com/najoshi/sabre git cl…
化石のようなサンプル(リンク)や昔の人の骨、歯から断片化したDNAを抽出してシーケンスシーケンスすることが増えており、それに伴ってアダプターに5'と3'両側が汚染されたシーケンスデータが増えてきている。AdapterRemoval は柔軟なパラメータセットを持…
2021/10/21, 24 インストール追記 FLEXBARはMultiplexで読んだシーケンスのdemultiplexやアダプタートリミングに使われるツール。柔軟な条件でランできる。よく使われているらしく、現在Flexbar3まで発表されている。解析時間は短く、100Mのリードなら数秒〜…
index (バーコード配列) を設計する際は、判別可能かつ無駄のない適切な長さ、増幅バイアスが起きないようなGC含量、実験データとの干渉がないなどを考える必要がある。それに加えて、index配列に塩基置換、indelなどのシーケンスエラーが起きる可能性がある…
シーケンスされる長さより短いライブラリサイズのシーケンスを行うと、3'側にアダプタやバーコードが出現する。このような汚染配列があると、後の解析に悪影響を与える可能性があるため、クオリティチェックの時に除くのが望ましい。AlienTrimmerはユーザが…
TgaDust2は、アダプター、バーコード、単純リピートなどの不要な情報を見つけて除去するツール。2009年にTagDustが発表され、その後2015年にTagDust2が発表された。 公式サイト TagDust インストール brewで導入できる。 brew install TagDust brewではTagDu…
2019 5/8 インストールおよびヘルプ追記 2020 12/9 help更新 これまで様々なアダプタートリミングツールが報告されてきている。OMIC toolsで検索すると、2017年6月で35件ヒットする(OMIC toolリンク)。その中でもFastQC、cutadapt、Fastx-toolkitなどはよ…