macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Bisulfite-seq

MethylDackel

MethylDackel(以前の名前はPileOMethで、これはMETHylationメトリクスを抽出するためにPILEupを使用していたための仮の名前だった)は、何らかの形でBS-seqのアラインメントを含む、座標順にソートされ、インデックスが付けられたBAMまたはCRAMファイルを処…

バイサルファイト処理されたリードのマッピングを行う bwa-meth

バイサルフィット処理された配列をアライメントする新しいツールbwa-mesを紹介し、既存のアライナーと比較する。結果、クオリティトリミングを行わなくても、高速で正確なアライメントが可能であり。下流のツールですぐに使用できることを示す。ターゲットシ…