macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

iMeta

fastpのバッチ処理スクリプトを使う

2025/09/19 追記 fastpのversion 1.0がリリースされ、フォルダ内のfastqをバッチ処理する便利なスクリプトも提供されました。このスクリプトの使い方を確認しておきます。 インストール 最新のfastpにパスが通っている必要がある。fastpのバージョンが1未満…

fastpの新機能

fastpは既に5000回以上引用されている(PubMedより)人気のシークエンシングデータの前処理ツールだが、最近のアップグレード(*1)でいくつか新機能が追加された。新機能を簡単に確認しておく。 インストール iMetaの論文ではv0.23.2が最新のバージョンのfa…

ユーザーフレンドリーなデータ可視化ウェブサーバー ImageGP

データの可視化は,研究者の間で結果を説明し,知識を共有するために重要な役割を果たす.しかし、多くの可視化ツールは十分なコーディング経験を必要としたり、特殊な用途のために設計されていたり、無償でなかったりする。ここでは、生物・化学データの可…