macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

karyogram

バリアントエンリッチメント解析を行うshinyサーバー Varanto

ゲノムワイド関連研究(GWAS)は、一塩基多型(SNPs)などの遺伝的バリアントと特定の形質や疾患との関連を明らかにすることを目的としている。これらの結果をさらに探求し、解釈するためには、パスウェイ、生物学的プロセス、疾患との関連などの共通テーマ…

真核生物の比較ゲノミクスのためのゲノムブラウザ Genomicus

Genomicusは、真核生物の比較ゲノミクスに特化したデータベースおよびウェブサーバである。Genomicusの主な機能は、複数のゲノム間でのゲノムブロックの保存状態をグラフィカルに表現することであり、特定の遺伝子を中心とした局所的な保存状態や、核型比較…

Circosプロットをインタラクティブに作成するためのR/Shinyアプリケーション shinyCircos

Circosプロットの作成は、ゲノムデータを視覚化する最も効率的なアプローチの一つである。しかし、Circosプロットを作成するための既存のツールをインストールして使用することは、コーディングの経験がないユーザーにとっては難しい。この問題を解決するた…

染色体イデオグラムや染色体間のシンテニープロットを描画する RIdeogram

近年、シーケンシング技術の発展、特にPacific Biosciences(Eidら、2009)およびOxford Nanopore Technologies(Laverら、2015)を含む第三世代シーケンシングの急速な進歩、BioNanoゲノムマッピング(Caoら、2014)およびハイスループットクロマチンコンフ…