SingularityコンテナのGUI環境を提供する Colony

バイオインフォマティクスパイプラインは、再現可能な解析を可能にするために、FAIR基準を満たす必要がある。FAIRは、再現可能な研究に必要な4つの主要要件、すなわち、検索可能性、アクセス可能性、相互運用性、再利用性を規定している。Singularityなどのソフトウェアコンテナは、異なるコンピューティング環境間でのソフトウェアの再利用を容易にするツールとして広く利用されている。しかし、多くの生物学者やその他の研究者は、Singularityのようなコマンドラインツールに馴染みがなく、コマンドライン経由でソフトウェアを使用する際の生産性が低いと感じている。そこで本稿では、プログラミング経験のない生物学者でもコンテナ化されたソフトウェアを操作できるグラフィカルユーザーインターフェースを提案する。TRR156で使用されたソフトウェアを用いて、本アプローチの実現可能性を評価した。Colonyは、プロジェクトページ（https://clipc-jpg.github.io/ColonyWebsite/）から無料でダウンロードできる。ColonyランチャーのコードはMITライセンスで提供されており、https://github.com/clipc-jpg/Colonyから無料で入手できる。関連するすべての資産は、https://doi.org/10.7910/DVN/Z3OTWY で閲覧できる。

インストール

Windows11 proでテストした(起動時､ubuntuインストールなどもチェックされる)｡

Colony is compatible with the Windows Operating system.

Github

HPにアクセスする｡

Downloadタブから入手する｡Macには対応していない｡

ダウンロードしたインストーラーを使って導入する｡

実行方法

起動したところ｡

初期サイズだとウィンドウが小さくて情報を見落としやすいので､できる限り大きくして使う｡

左側のボタンからローカルディスクに保存したコンテナを追加・削除できるようになっている｡

Singularity(Apptainer)のコンテナはGUI環境だとSylabs Cloudからダウンロードできたりするが､ColonyのGUIには対応していない｡現在はColony HPにあるデモンストレーションデータのみColonyのGUIに対応している｡

Colonyでデモンストレーションとして公開されているデータをダウンロードしてみる｡

ここでは一番上の"WF-Transcriptome Example"をダウンロードした｡これはマウスのRNA-Seqデータの解析用のコンテナとテストデータ､その設定ファイル(configファイル)を含んでいる｡

解凍したところ｡.sifとコンフィグファイルである.jsonが必要｡

サブディレクトリであるinput/には､.jsonで指示されているリファレンスゲノムやシークエンスデータ､サンプルシートCSVが含まれている｡

Colonyにはまず.sifファイルを読み込ませる｡Add local containerからwf_apps.sifを指定する｡

読み込ませた｡次に作業ディレクトリを指定する｡左側のMainの文字をクリックすると､

ウィンドウ中央にメニューが出てくるので､ここで作業ディレクトリのパスを指定する｡

+マークを押すとArgumentが出てくるが空白で問題なし

次にウィンドウ左側のSelf-configuratorをクリックする｡Configurationで解凍したディレクトリにあるwftr_example_analysis.jsonを指定する｡Working directoryは､テストデータのwftr_example_analysis/wftr_example_analysis/を指定しないとエラーとなった｡