macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

CRISPR

シーケンスデータ中の変異プロファイルを簡単に定量的に測定できる SIQ

ゲノム編集後の突然変異の結果を確立することは、高効率のゲノムターゲティングツールの出現により、ますます重要となっている。次世代シーケンサー(NGS)は、特定の標的部位における変異誘発の程度を調査するために不可欠な方法となっている。そのため、研…

(ヒトゲノム)超高速なk-mer問い合わせwebサービス KmerKeys

2022/05/21 論文引用 K-merは、ゲノム配列解析に使用される短いDNA配列である。K-merを使ったアプリケーションには、ゲノムアセンブリやアラインメントがある。しかし、バイオインフォマティクスの分野でk-merを広く利用するには、ゲノム配列データの巨大化…

バクテリアのゲノムやプラスミドのアノテーションを行う Bakta

2021 5/18 ツイート追加 2021 11/11 論文引用 2022/03/10 help更新 Baktaは、バクテリアのゲノムやプラスミドのローカルなアノテーションを迅速かつ標準化するためのツールである。dbxref-richやsORF-including annotationsを機械的に読めるJSONやバイオイン…

メタゲノムのシーケンシングリードからアセンブリしてCRISPRsを探す Crass

Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) は、バクテリオファージ(ファージ)から細胞を保護する細菌および古細菌の適応免疫システムを構成する。 CRISPR遺伝子座の分析により、ファージ感染の履歴が明らかになり、ファージと…

ジッタープロットを作成する SinaPlot

データ駆動型サイエンスの最近の発展により、研究者は複数のソースからのデータを、多様な実験手順やデータベース上で統合するようになった。特にデータポイントの数がクラス間で異なる場合、データを正確に可視化する上で大きな課題となっている。サンプル…

CRISPR/Cas9編集後のアンプリコンシークエンシングからindelのレポートを生成する CRISPR-DAV

CRISPR/Cas9システムの簡便さと精度の高さは、遺伝子編集の新時代をもたらした。CRISPRを介在させたゲノム編集を用いた目的のクローンのスクリーニングは、その多重化により次世代シークエンシング(NGS)によって可能になった。ここでは、CRISPR NGSデータ…

ゲノムから周期的なリピート配列を検出する SPADE

周期的に繰り返されるDNAやタンパク質要素は、ゲノムの進化、遺伝子制御、タンパク質複合体の形成、免疫を含む様々な重要な生物学的事象に関与している。特筆すべきは、現在使用されているZFNs、TALENs、CRISPRsなどのゲノム編集ツールも、すべて天然の生物…

CRISPR arrayを探すwebサービス CRISPRDetect

CRISPR-Casシステムは、バクテリオファージやプラスミドなどの外来遺伝物質からの保護を提供する原核生物の適応免疫システムである。特異性は、侵入するDNAまたはRNAを認識する短い非コーディングRNA(crRNA、CRISPR RNAと呼ばれる)によって提供される。こ…

CRISPRsをゲノムから探すMinCED

MinCEDは、完全なゲノムまたはメタゲノムからアセンブルされたコンティグなどの環境データセットで、Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) を見つけるプログラムである。 インストール 依存 Java Github #bioconda (link) c…

バクテリア/アーキアの高速なアノテーションパイプライン DFAST

2019 11/17 補足説明追記 2019 12/28 インストールコマンド修正 2020 1/17 実行例追加 2020 10/19 help更新 (v.1.2.10) 2021 2/22 ツイート追記 本著者らはパブリックシーケンスデータベースへのゲノム送信をサポートする原核生物ゲノムアノテーションパイプ…

タンパク質相互作用を調べる BioGRID

大量の個々のタンパク質または遺伝的相互作用、およびRNA、DNA、膜、炭水化物、低分子代謝産物の相互作用から集約された生物学的相互作用ネットワークは、遺伝子と表現型の関係およびすべての細胞の機構的基盤を理解するためのフレームワークとして機能する…

メタゲノムのファージ配列分析webサーバー VirMiner

2019 6/15 誤字修正 ウイルスは、それらの恒常性および進化に寄与する微生物群集の必須の構成要素である。ヒトの腸内細菌叢のウイルス群集はバクテリオファージが支配的である[ref.1]。ファージは遺伝子水平伝播(HGT)[ref.2]によって細菌群集の構造と機能…

メタゲノムシーケンシングリードからCRISPRスペーサーを検出する MetaCRAST

原核生物のゲノムに見られる clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) arraysは、我々がより多くの生態系において重要なウイルス - 微生物相互作用をよりよく理解するのを助け得る。ウイルスは溶菌感染を介して細胞内の栄養を生…

ゲノムのCRISPR座位を見つけるwebツール CRISPRCasFinder

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)および関連タンパク質(Cas)は、CRISPR-Casシステムを形成する。 CRISPRは、スペーサーと呼ばれる同じサイズのユニークな配列で区切られた、24〜50 bpの長さのダイレクトリピートまた…

Freiburg RNA tools

RNA生物学は分子生物学および生物医学研究における重要なtopicである。biological systemsにおけるRNAの機能は e.g., 病気のプロセスに関するイノベーション(1)からCRISPR-Casに基づく最近の遺伝子編集のイノベーション(2,3)に至るまで、複雑で範囲が広…

バクテリオファージのホストを推測する HostPhinder

2012年、世界保健機関(WHO)は抗生物質時代の終焉の始まりと、ささいな細菌感染でさえ致命的になる時代に戻りうることを発表した[論文より ref.3]。それ以来、抗生物質耐性の問題は増大し続けており、WHOレポート「Antimicrobial resistance: global report…

Prokaryotesのアノテーションツール Prokka

2018 10/6 タイトル修正 2019 説明修正、dockerリンク追加、インストール方法追加、dockerリンク修正 、コマンド修正、help追加、タイトル修正、インストールの説明の誤り修正、バージョンアップ追記、crisper、IS、AMR tag追加、誤字修正、dockerを使う例を…