macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

DRA

fastqファイルを迅速かつ効率的に取得する ngsfetch

ffqとaria2を使ってfastqファイルを取得するためのユーティリティ。大規模なデータセットを迅速かつ効率的にダウンロードできるよう設計されている。GEO、SRA、EMBL-EBIのENA、DDBJのDRAなどのデータのダウンロードに対応している。 特徴(レポジトリより) …

公開されているシークエンシングデータを取得する統合ツール iSeq

ハイスループットシーケンス技術(Next Generation Sequencing; NGS)は、多様な生物学的探究に取り組む研究者によってますます活用されるようになっている。最新のシーケンシングの驚くべきスケールと効率を活用し、ゲノム解析からタンパク質-核酸相互作用…

latf-loadコマンド

シークエンシングデータなどをDDBJのファイルサーバにアップしてDRAの登録申請を行う場合、D-wayのDRAで情報を記載後に実行する自動validationのステップがあります。このプロセスでは、ファイル受付サーバからのシークエンシングデータのロードにSRA Toolki…