macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

metatranscriptome

メタゲノム、メタトランススクリプトーム、ncRNAのシークエンシングデータからrRNA配列を正確かつ高速に検出・除去する RiboDetector

2022/03/11追記 トランスクリプトームやトランスラトーム技術の進歩により、RNAの活性プロファイルやRNAによる制御機構を深く研究することが可能になった。リボソームRNA(rRNA)配列は細胞内RNAの中で非常に豊富に存在するが、ターゲット配列にポリアデニレ…

インタラクティブなマイクロバイオーム分析と可視化のためのR shinyアプリケーション animalcules

ヒトの健康や病気の形成に腸内細菌叢が果たす複雑な役割は、培養に依存しない分子ベースのハイスループットシーケンシング技術が利用できるようになったこともあって、近年、精力的に調査・研究が行われている。ヒトのすべての宿主は、平均500~1000種の異な…

DIAMOND用のCOGデータベースを作成するスクリプト COG

Githubより 微生物のメタゲノムやメタトランスクリプトームをアノテーションする際、生物のアノテーションだけでは不十分なことが多く、時には機能的アノテーションも必要となる。ゲノムの機能アノテーションに便利なデータベースとして、NCBIが管理するCOG…

ハイブリッドアセンブリとビニング及び下流解析を行う自動化されたパイプライン MUFFIN

2021 2/5,2/6 出力例追記 2021 2/11 論文引用 メタゲノミクスは微生物学の多くの分野を再定義した。しかし、メタゲノムアセンブルゲノム(MAG)は、主にショートリードでシーケンスが行われた場合、断片化されていることが多い。最近のロングリードシーケン…

メタゲノムの機能プロファイリングを行う HUMAnN2

2020 4/19 流れを修正 2020 4/21 biom出力とh5pyインストール追記 2020 ステップ2のコマンド修正 微生物群集の機能プロファイルは、通常、包括的なメタゲノムやメタトランスクリプトーム配列の検索を用いて作成されるが、これらの検索は時間がかかり、偽の…

CheckMのplotコマンド

2021 4/2 追記 2021 8/30 checkm tetra 追記 checkmのゲノムアセンブリ評価コマンドについて以前紹介した。 ここでは、タイトルの通りCheckMのplotコマンドについて簡単に紹介する。このコマンドはbinningして得た一連のbinned.fastaのディレクトリに対して…

MG-RAST(簡単な紹介)

分子生物学、とりわけ、微生物群集(メタゲノミクス分野)のハイスループットシーケンシングは、気候変動、環境汚染、人間の健康などに関わる微生物群集の組成と機能的内容の理解を急速に進歩させている。メタゲノミクスは、以前は実験室制御の培養に難しか…

包括的なfunctional annotationを行うwebツール FunctionAnnotator

シーケンス技術の向上により、次世代シーケンス(NGS)がトランスクリプトーム研究にますます頻繁に使用されている。適切なリファレンスゲノムがないため、非モデル生物のトランスクリプトームの分析はモデル生物のトランスクリプトームと非常に異なる。 Tri…

複数のメタゲノムをその場で分析するための軽量で多機能なメタゲノム分析ツール SqueezeMeta(オフライン使用)

2020 11/19 condaインストール追記 シーケンシング技術の改良によりメタゲノムシーケンシングが一般化し、メタゲノムシーケンシングがマイクロバイオームの構造および機能性を分析するための標準的な手順となった。メタゲノム実験によって生成された膨大な数…

メタゲノムの既知および未知バクテリアの存在量を推定single-copy phylogenetic marker genesに基づいて見積もる mOTUs2

2019 4/26 mergeエラー修正及び追記 2019 7/2 インストール追記 2019 8/6 リンク追加 2020 4/18 condaインストール追記 2020 8/24 インストール 追記 微生物は、地球上の生命や環境中の地球化学的プロセスに影響を与える、相互作用する種の複雑な共同体に住…