ASV (amplicon sequence variant)
2022
Bioinformatics
simulator
metagenome
amplicon sequence
ASV (amplicon sequence variant)
Nanopore long read
Marine Metagenomics
結果の視覚化 (visualization)
ヒト腸内 (human gut)
ヒト口腔 (human oral)
シーケンシング技術の進歩に伴い、16S rDNAシーケンスデータの解析を目的とした多くのバイオインフォマティクスツールが開発されている。これらのツールをテストするためには、異なる環境からのサンプルに類似したデータセットをシミュレートすることが重要…
2021
Microbiome (Journal)
shiny
abundance estimation in metagenomics data
metatranscriptome
metagenome
amplicon sequence
相関分析
結果の視覚化 (visualization)
回帰分析
クラスター分析
BIOM
ASV (amplicon sequence variant)
UMAP
t-SNE
biomarker
OTU
ヒトの健康や病気の形成に腸内細菌叢が果たす複雑な役割は、培養に依存しない分子ベースのハイスループットシーケンシング技術が利用できるようになったこともあって、近年、精力的に調査・研究が行われている。ヒトのすべての宿主は、平均500～1000種の異な…
2018
Bioinformatics
variant ranking
filtering
human exome
amplicon sequence
ASV (amplicon sequence variant)
automatic pipeline
docker
panel sequencing
法医学
tumor
somatic mutation
SNV
small indel
Precision medicine（wiki）は、患者ケアに革命をもたらす。パーソナライズドされた治療戦略は、あらゆる患者に最も適切な治療を提供するためにますます適用されている。ガンを含む遺伝的に関連する疾患に関して個別化医療を実現する重要な側面は、突然変異…
2019 10/26 boioconda インストール追記 Preprintより 微生物群集の人間および環境への健康への重要性は、それらの効率的な特徴付けのための方法に動機を与えている。最も一般的で費用効果の高い方法は、標的遺伝子エレメントの増幅および配列決定である。 1…
