macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2025-07-01から1ヶ月間の記事一覧

細菌ゲノムの構造変異を検出するsnakemakeパイプライン seabreeze

構造変異(大規模な挿入、欠失、重複、反転、転座など)は、細菌の進化において独自かつ重要な役割を果たす。近年、ロングリードシーケンシング技術の進歩により、構造変異の高精度かつハイスループットな予測が可能となった。seabreezeは、構造変異によって…

高速にウイルスゲノム配列を分類学的に分類する VISTA

公開データベースにおけるウイルスゲノム配列数の急速な増加に伴い、包括的なウイルス研究のためのスケーラブルで普遍的かつ自動化された予備的な分類学的枠組みが必要とされている。ここでは、ウイルス配列に基づく分類法(VISTA:Virus Sequence-based Tax…

分類学の変遷に対応するためのリソース Taxonomy Time Machine

NCBI分類学データベースは、ゲノム情報を分類学的関係にリンクするための主要なリソースであり、科学分野全体で広く利用されており、バイオインフォマティクスにとって極めて重要である。このデータベースは、研究者が分類学的関係を発見し、改良するにつれ…